這一戰一直打到了第二天正午才結束，叛軍的主力終于被商家軍擊潰。但由于戰場過于零亂,因此直到當天傍晚時分，戰果才初步統計出來，這一戰一共殺死叛軍二萬五千余，其中有近半數是燒死或自相踐踏而死，生擒一萬五千余人，才加上散逃的叛軍，可以說確實是其本消滅了叛軍的主力。而商家軍自身的傷亡還不足百人。
    不過叛軍的主將馬進忠又一次逃脫了性命，但這時他身邊也只剩下兩三百余人了，馬進忠心里也知道，這一次基本可以算是全軍覆沒，雖然主要是因為商家軍過于強大的原因，但自己身為全軍的主將，自然也是難逃其責，回到杭州只怕也沒有好結果。而且遭此一敗，玄皇教也元氣大傷，十年之內，恐怕難以再有大作為了。因此馬進忠也不回杭州，帶著這二三百人逃離了浙江，脫離玄皇教另尋去處。
    商毅對戰果也十分滿意，在第二天只留了楊武丞的騎兵營、一個新兵營和輔兵看守俘虜，率其余的人馬，趁勝進軍，去攻取杭州。
    那知商家軍的人馬到達了杭州城西北角的武林門前的時候，只見武林門的城門大開，吊橋放下，全無設防，竟然沒有一名叛軍的士兵守衛。不過隱隱聽到城中有喊叫的聲音，而且不時還有百姓從城里跑了出來，還都是十分驚慌的樣子。
    商毅也不禁覺得有些意外，攔住了幾個跑出來的百姓詢問，杭州城里，到底發生了什么事情。
    見是官軍來了，百姓們才稍稍有些放心，這才向商毅說起城中的情況，原來自從叛軍占領了杭州城之后，對城中的大戶富豪人家里進行掠奪，錢財物資搶獲一空，充為軍用，當然這期間也殺了不少人，但對一般的平民百姓，甚致是小康之家，沒有過多的迫害，更沒有像流寇那樣屠城，而且城中的秩序也有一定的恢復，畢竟叛軍是打算把杭州作為自己的根據地。
    但不知為什么，從昨天晚上開始，叛軍的士兵就在城中四處搶奪，也不分富戶窮人，見什么搶什么，稍有反抗就格殺勿論，還放火燒毀了一些房屋。因此城中的秩序也大亂了起來。而且在天亮之后，有人看見一部份叛軍趕著馬車，逃出城去。但城里還是留下了不少叛軍，同時也更為兇惡，燒殺掄掠，什么事都做，于是許多百姓都逃出城避難。
    商毅聽他們說完之后，估計是玄皇教見大勢以去，死守杭州城以經毫無意義，因此只完留下一部份精英，撤離杭州，或隱居起來，或另投他處，而其他招募拉隴的叛軍士兵，也就都棄之不理了。而其他被棄的士兵無人約束，又充滿了絕望的情緒，只能借用殺人放火來發泄，當然也有人是想搶完一票之后跑路，結果造成了杭州大亂。這到是很有可能的事情。
    不過雖然是這樣想，但商毅也不敢大意，命段鵬先帶一個偵察連進城，觀察城中動景，是否如事所說，并且占領武林門的城樓和城門。
    段鵬領軍進城之后不一會兒，就派人回報，以經完全控制了武林門，城中確實一片混亂的樣子，而且也沒有人組織抵抗。
    其實商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家軍以經蹬上了城樓，還有一部份就守在城下，確實完全控制了武林門。于是商毅立刻下令，全軍進城。
    大隊人馬進城之后，商毅蹬上了城樓，向城中看去，城里確實是一片混亂，滿街都是跑的居民，地上還躺倒了不少尸體。因此啇毅立刻下令，留下第二團的火炮營守住武林門，自己和周少桓帶一個火槍營、二個偵察連和兩個新兵營去占領州府衙門，剩余的一個火槍兵營和一個長槍兵營都分散成以連為單位，立刻在城中去制止叛軍的暴行，將他們全部都抓到州衙來，敢反抗者一率格殺匆論。
    商毅領軍趕到了杭州的府衙門，這里早己以人去樓空，商家軍毫不費力就打開了府衙的大門，占領了府衙。隨后商毅又分派三個新兵營，分頭去攻占杭州城的各個城門，不許進出。
    杭州曾經是宋朝南渡之后的都城，在南宋時期，共有十三座旱門，五座水門。而南宋滅亡之后，元、明以來，杭州城已固定為十個城門。分別為東有慶春門、清泰門、望江門，南有候潮門、鳳山門，西為錢塘門、清波門、涌金門，北為武林門、艮山門。都要分派兵力把守。每個城門分派一個連把守，剩下的三個連則留在府衙，準備看守俘虜。
    這時叛軍正在城中肆意施暴，但很快就發現，街頭巷尾，出現了一隊隊衣甲鮮明整齊的軍隊，有人首先喊，命令他們放下兵器，立刻束手就擒。
    叛兵當然不甘心就這么縛綁，但對方也不多和他們廢話，喊了兩遍不見他們有所行動，就立刻舉槍射擊。槍聲響過之后，叛軍們頓時紛紛倒地斃命，而其他的叛兵見勢不妙，馬上四處逃竄。當然也有一些橫的叛軍不服，還想沖上來動手，結果還沒等他們沖到近前，就被彈丸擊中倒地，就算有一部份人僥幸沖到商家軍的近前，但等待著他們的，是雪亮的刺刀。
    雖然商家軍中還有一部是長槍兵，但商家軍的長槍兵，也不是現在叛兵這樣的烏合之眾所能抵抗的，雙方動手的結果，無一例外的都是叛軍倒地身亡。
    知道了商家軍的厲害之后，叛兵也不敢反抗，有小部份趁亂逃跑,躲藏了起來，絕大部份