都扔掉了武器，舉手投降，被押到府衙前的大廣場看押。
    到了響午過后，在商家軍雷厲風行的打擊之下，杭州城里的動亂以經基本平定了下來，隨后在商家軍的組織指揮下，又去撲滅了城中的火勢，好在叛軍并不是誠心要放火燒城，因此火勢并不大，到接近黃昏的時候，終亍都滅了。雖然還是有不少房屋被燒毀，而且死傷了不少居民，但就整個城市來說，損失并不算大，比起被張獻忠焚為一爐的武昌來說，根本就不算什么。
    而商毅終于也松了一口氣，這杭州總算是拿下來了。立刻又命令城外的士兵押著俘虜開拔進城，同時又清理城中的尸體殘籍。
    在城中被商家軍打死的叛兵有一千五百多人，而衼抓到府衙前看押的叛兵，卻有近兩千余人。城中百姓死傷了近四千余人，民房被燒毀了六十余間，另有二百多間店輔被砸被搶，五千多名百姓受傷。因此在這天夜里，整個杭州城里到處都可以聽到哭聲，情景也頗為凄慘。
    商毅心理雖然也有些凄凄，但這種事情現在也見得多了，心腸也硬了許多，同時雖然占領了杭州，還有許多善后的事情需要處理。正好這時杭州的中下層官吏知道朝廷的大軍收復了杭州，也紛紛到府衙來拜見商毅，并且帶來了杭州的戶籍、府庫、魚鱗冊等。其中有推官蘭秉浩、經歷楊堪、知事萬紹華、照磨季峻、書辦田斌文、主薄肖方忠等，以及衙役班門，公人差使，一共有二三十號。
    他們基本都是中下級的官員，最大的推官也不是正七品，如文書、主薄還沒有品級，連官都算不上，屬于吏員一類。在中國古代的地方政務，與其說是“官治”，倒不如說是“吏治”。自宋以降，府州縣的地方官幾乎全是從科舉中選拔出來的。做“之乎者也，子曰詩云”一類的道德文章是拿手，但治理地方的行政事務卻是一知半解，除了各種事務都有一套繁瑣的程式，基本法令之外，應該援引或可以類推的成例更是多如牛毛。
    再加上古代的法制不建全，因此某件公事該依哪一條法令或哪一項規定去處理，在律令和會典等書籍中都找不到，只能從以往出現過的成例套用，以保萬無一失。否則萬一出點紕漏或被上司找出了岔子，輕則駁回，重則訓斥，說不定還會為此而丟官罷職？而這方面只底下具體辦事的人才淸楚。
    而當官的為了不出錯，或者嫌麻煩，只能把這些事情都托付給底下的三班六房的衙役書辦主薄等人去處理。結果知府知州這類正式的地方官員反而被架空，而身份卑微的吏員，卻在實際上把持著地方行政權力。
    吏員不屬官員，沒有品級，也沒有晉升的可能，往往都是世襲，這也是中國歷史上有一個政治現象，稱為“官無封建，而吏有封建”，因此他們大多數人也沒有什么道德關念，平時和當地的大戶勾結，中飽私利，坑害百姓。淋尖踢斛、折色火耗等話計基本都是他們在俱體操作。
    而他們對朝廷也沒有多少忠心，一但改朝換代發生，也輪不到他們頭上來，因為無論是誰來當官，也離不開他們，永遠是不倒翁，因在叛軍攻下了杭州之后，他們向叛軍投誠，現在商毅收復了杭州，又立馬都倒向了商毅。
    這些陋習商毅心里當然清楚，但目前來說，暫時還不能動他們，而且戶籍、府庫冊、魚鱗冊等資料也是十分有用的東西，因此也不動聲色的接納了他們。