在建設穆陵關的同時,商毅當然也沒有忘記對軍隊的整編,正所謂足基礎建設和軍隊建設，這兩手都要硬。
    現在商毅在穆陵關的軍隊是一千人的標準，按照商毅的想法，將主力團全部的九個小隊都編入正規的軍隊中。當然對團兵還是征求他們的態度，以自愿為原則。
    這時商毅在民團中以經建立了崇高的威信，而且也得到三位村長的全力支持，加上民團成立之后的這兩個多月里，商毅對團兵的月錢一直都按時足量發放，由其是打了這幾場勝仗之后，毎一個團兵們也多多少少都得到了一些額外的獎勵，也更使團兵們對商毅也充滿了近乎于盲目的相信，使他們覺得，只要是在商毅的帶下，自己就不會打敗戰。
    因此在征求意見時，絕大部分人都愿意從軍，跟著商毅干下去，說不定曰后還能混出個什么明堂來呢。只有二十幾人不愿意成為軍籍，商毅對此也不免強，只足從輔助團的青年團中選出一部分人來，將各小隊補充滿員。這樣穆陵關千總司的總兵力為八百一十人。而原來主力團九個小隊的隊長都在穆陵關里擔任把總，唐鎮出任商毅的副手。
    在主力團改編入軍藉的同時，三村民團依然繼續保留下去，因為現在清軍以經打進來了，僅僅只靠穆陵關千總司的兵力，不足以抵抗清軍的進攻。民團保留下去，對千總司也是一個有力的補充。對這一點，三位村長也沒有反對。
    于是商毅又對民團進行一次改組，將原來的輔助團的青年團全部提升為主力團，而他們的實際待遇也和以經轉入軍籍的團兵一樣，只是沒有軍籍而己。
    對這次改組，也釆用自愿的原則，在一部份人退出之后，仍然還有八百八十六人愿意留下來。商毅將退出的人和原來的十三個壯年輔助團一起，編成了新的輔助團，一共有十四個小隊，農忙是務安、安閑時練兵，并付責日常保衛村子的工作和官兵的后勤輔助，在必要的時候，做為官兵的補充，這一點是帶強制性，是毎一個成年村民必盡的義務。
    而其余愿意升級為主力團的團兵們的仍然按穆陵關的官兵編制，也分為六個步兵隊，一個騎兵和一個偵察隊。各隊實際都劃規各把總管轄，跟官兵一起訓練，這實際上，就等于是把穆陵關的兵力擴大了一倍。
    其實商毅本來還打算按照后世現代軍隊的編制方法，將軍隊整個進行一次重組，但也考慮到現在這個時機還不成熟，因此也就暫時作罷。
    對少年團，商毅也是釆用自愿原則，當然還要經過他們父母的同意，分別編制為主力少年團和輔助少年團。前者和主力團一樣，就是編外的官軍，主要付責官兵的后勤補充，但軍餉比成年士兵減少一半，年齡達到以后，就自動成為正式士兵。而后者的性質和工作與輔助團一樣。
    結果劃分之后，成立了二個主力少年團小隊和三個輔助少年團小隊。這樣一來，穆陵關的總兵力可以達到一千八百九十八人，輔助團可以達到一千七百三十六人。總計可以動用三千五百人以上。幾乎以經達到一個游擊將軍的標準兵力了。
    軍隊重新編制完之后，商毅在主抓穆陵關的基礎建設的同時，也沒有放松對士兵訓練。因為現在穆陵關里的兵營還沒有建好，因此商毅只把編入官軍的八百一十人調到穆陵關來，一方面是保護關城，另一方面也維持建設生產秩序。新升級成為主力團的團兵仍然留在王家大屯，由唐鎮帶領著訓練。而商毅則在穆陵關、王家大屯和清水村三地之間來回奔走。
    到達穆陵關的軍隊暫時在關外扎營居住，平時的訓練也是在城外進行，只是毎天都會安排一隊士兵進城來回巡邏幾次。給居民們增加一些安全感。由于新來的官兵不僅精神風貌與眾不同，而且軍紀也很好，平時絕不會搔撓居民的正常生活，因此在幾天之后，居民們對官兵的態度也由恐懼變成了歡迎。
    等城里的大訓練場的地基整平之后，商毅就安排士兵，在城里舉行了一場蹴鞠比賽，也吸引了全城的居民前來觀看，使得穆陵關里充了歡聲笑語。
    不知不覺，時間過去了半個月，眼看著就要進入閏十一月下旬了。而在穆陵關里的建設，還在如火如荼的進行著。商毅的千總衙門的主體結構以經全部完工，正在覆蓋屋頂的瓦片，門窗也都在安裝中。而兵營、各工匠作坊也都進入了主體結構的施工期。西北區的民宅也開始筑立基礎。整個新的格局以經基體能夠形成了。
    而商毅購買的第一批物資也以經送到了穆陵關里，主要是糧食、木料和生鐵等建筑材料，剩下的也將隨著工程的進度，陸續送到。
    同時在此其間，清軍攻下了河間府之后，并沒有繼續南下，而是暫時在河間府駐扎下來。商毅知道，這是清軍奔襲的一貫作法，打下了一處大地方之后，就會以該處為中心，四處掠劫一番，然后屯積起來。
    這一天正是崇禎十五年（1162年）閏十一月十八日，登萊巡撫曾化龍也派人送來了一批物資。除了商毅要的火器，有鳥銃二百支，魯密銃六十支，虎蹲炮六門，佛郎機炮四門，火藥八百斤，另外還有紋銀一千兩，戰馬五十匹，鐵曱一百付，刀槍器械三百件，還派來了火藥工匠十二名。
    同時曾化龍還帶來了