加了壓力。反對派組織起先是受到干涉，接下來就遭到鎮壓。許多人被逮捕。根據官方報道，擁護“聯盟”的候選人分別在立陶宛、拉脫維亞和愛沙尼亞全部投下的選票中占百分之九十二點二、百分之九十七點六和百分之九十二點九。
    一星期以后，于7月22日，新召集的三國議會，表示響應選舉以后國內立即起的一項運動，莊嚴宣布將采用蘇聯的制度——雖然不實行農業集體化——并表示愿意和蘇聯合并。194o年7月23日《泰晤士報》的一則電訊評論道：“充其量只能說，如果要人們在俄國和德國之間進行選擇，多數人可能選擇俄國，而且，自然這是以不對他們的家庭生活和風俗習慣實行全盤布爾什維克化為前提的。”可是，它們并入蘇聯的結果就會如此；從此，三國就要忍受它們不得不經歷的改革所必然帶來的痛苦了。
    波羅的海國家駐柏林、倫敦和華盛頓的代表們，按照他們原先接到的舊政府的指示，指斥他們議會的活動是非法的，聲明這些選舉是在威脅之下，在外國占領軍在場的情況下舉行的，不能看作是人民意志的真實反映。德國外交部拒絕接受這些照會。美國代理國務卿薩姆納?韋爾斯宣稱，美國政府反對蘇聯侵犯波羅的海各共和國的獨立和領土完整。美國駐波羅的海三國都的代表們——雖非全體工作人員——離開了那里。美國政府繼續承認彼羅的海三國駐華盛頓的代表。波羅的海三國在英國和美國的財產被“凍結”，掛三國國旗的船只被扣留。蘇聯政府對此立即提出抗議。
    8月1日，最高蘇維埃召開特別會議，討論波羅的海三國新議會要求并入蘇聯的申請。會議也討論了比薩拉比亞和北布科維納的合并問題。會議開始時，莫洛托夫強調蘇聯政府采取的步驟是必要的，因為，“特別在當前國際形勢所造成的情況下”，統治波羅的海國家的一些資產階級集團的政策，使得根據互助條約進行合作成為不可能。而在提出申請的那幾個代表團方面，則聲稱在它們的國家里資產階級政權已被推翻，因此不可能再成為“通向英帝國主義者的跳板”了。8月1日，立陶宛被接納加入蘇聯；8月5日，拉脫維亞加入；8月8日，愛沙尼亞加入。它們成為蘇聯的第十四、第十五和第十六個加盟共和國。
    1939年戰爭爆時，波羅的海國家的政府根據國際法，表聲明，宣布中立。但是事實上，在蘇德協定締結以后，它們的國家就不再能繼續成為真空地帶了。斯大林和莫洛托夫在討論他們自己的打算時，都提到俄國過去對波羅的海地區的主權，這種考慮對他們的政策產生過影響。然而，威脅三個共和國獨立的真正因素，是德國在西方勝利進軍的步伐。在莫斯科看來，這些國家在戰略上對于蘇聯的防御太重要了，不能讓它們繼續成為獨立國家。波羅的海國家在兩次大戰之間保持獨立的一段時候，在政治用丘吉爾的話來“歐洲反布爾什維主義的前哨”。這些國家的全部觀點，正同它們實際的做法一樣，使得將它們并入蘇聯一事不易為西方民主國家所接受。當斯大林硬要艾登(在1941年12月訪問莫斯科期間)立刻承認波羅的海國家的新形勢時，丘吉爾的話說得再激烈也沒有了，他在電報中說：“這些邊界是憑著可恥地與希特勒勾結的侵略行動而獲得的。違反波羅的海國家人民的意愿使它們轉屬蘇俄，這將違背我們進行這場戰爭的一切原則，并將玷污我們的事業。”可是三個月以后，由于事態展的壓力，經過重新考慮以后，產生了另一些想法，并隨之而懷疑“這一道義的立場是否確實能保持下去”。丘吉爾在給羅斯福的一封信中議論道，大西洋憲章應該被解釋為不否認蘇聯有權保有它在受到德國進攻時所占有的邊界。美國政府不同意這個觀點。因此，蘇聯并吞波羅的海國家所造成的形勢，成為戰時盟國關系以及戰后談判解決辦法時的一個障礙。
    1939年8月23日在莫斯科簽字的德蘇互不侵犯條約附帶有一個秘密附屬議定書，記載了里賓特洛甫和他的東道主就德蘇在東歐勢力范圍的分界線問題舉行“絕密會談”的結果。議定書對于分屬于波羅的海國家和波蘭的地區萬一生“領土和政治變動”時作好準備。在波羅的海國家方面，立陶宛的北方邊界將是兩個勢力范圍的分界線，這就是說：拉脫維亞和愛沙尼亞分給俄國，而立陶宛分給德國。雙方同意(據德國外交部長里賓特洛甫說，這是他主動提出的)維爾紐斯應被認為是立陶宛的一部分；在議定書的條文中，雙方承認“立陶宛在維爾紐斯地方的利益”，雖然這片地方的界線沒有劃定。在波蘭，分界線大致是沿著“納雷夫河、維斯杜拉河和桑河一線”。
    里賓特洛甫和俄國的領導人還討論了在根據協議瓜分波蘭以后，保持殘存的波蘭國家的問題。德國人在征服波蘭以后，有一段時期繼續打著這個主意，在這一階段，斯大林似乎也贊成有這種可能性。8月間在莫斯科會談時，對于“保持一個獨立的波蘭就雙方的利益來說是否有需要，以及這個國家的邊界該如何劃定”這個問題，沒有作出結論。議定這樣說的，這個問題“只是在政治情況進一步展過程中才能明確規定”，不過兩國政府表明了它們的意圖，無論如何要以“友好的諒解”來解決