和珅伏法之后，嘉慶也繼續(xù)下發(fā)詔令，逐漸更新乾隆末年的部分弊政。
    首先，對于地方之上聲名狼藉的官員，嘉慶逐步展開查辦，比如湖廣地方上貪縱不法，激起民變的湖南布政使鄭源璹、湖廣道員胡齊侖、武昌知府常丹葵等人，雖未必與和珅有所交集，但貪虐形狀屬實，一律革職查辦。和珅另一親信，云貴總督富綱，也在不久后被革職拿問，押解入京。
    接下來，嘉慶依從朱珪建議，將議罪銀之制認定為“和珅所創(chuàng)弊政”，有了和珅的名義，那么廢除議罪銀，自然也就是順理成章之事了。
    隨后，嘉慶開始下詔求言，聲稱無論官民，均可向軍機大臣或各部院上書，后改為向都察院投書，總之即便是平民百姓，也可以向朝廷陳述所見弊政。而且就理論而言，除非嘉慶親決，否則都察院不得將平民上奏視為“妄誕”之言。（然而，因上奏文書數(shù)量眾多，都察院擅自退回平民上奏之事，也依然有例可循。）
    同時，對于乾隆朝因詩文著書犯禁的部分犯人家屬，嘉慶亦宣布予以開釋，徐述夔、王錫侯兩家現(xiàn)存家眷，得以回歸鄉(xiāng)里。在詔書中嘉慶也聲明：“殊不知文字詩句，原可意為軒輊。況此等人犯，生長本朝，自其祖父高曾，仰沐深仁厚澤，已百數(shù)十余年。豈復系懷勝國，而挾仇抵隙者。”一時間民間挾詩文檢舉之事，漸漸無聞。
    清除舊弊的同時，嘉慶也厲行節(jié)儉，嘉慶四年因大行皇帝梓宮尚未安葬，暫停避暑山莊之行。先前新疆官員奉和珅之命，開鑿大和闐玉送往京城，嘉慶得知此事之后，即令前方官員將大和闐玉棄置。乾隆廟號謚號，此時也已定下，廟稱高宗，謚曰純皇帝，后世謚號有所增益，暫時不表。
    對于中外官員，嘉慶進一步進行調整，前線大員宜綿、秦承恩因久戰(zhàn)無功，即行革職拿問。松筠回歸中原，暫任陜甘總督，阿桂一力提拔的干吏吳熊光，被授予河南巡撫。在四川以清廉聞名的劉清，也被嘉慶委以安撫戰(zhàn)區(qū)百姓的重任。前線這時也屢傳戰(zhàn)果，冉文儔、冷天祿等白蓮教領袖均被剿滅。
    就連衍圣公府之事，嘉慶也進行了調整，原本乾隆要求于氏撫養(yǎng)孔慶镕，嘉慶親政后，以于氏外家不得擅自干預孔府家事為由，將孔府要事暫且交歸孔憲增處理。對于孔府父子姐弟而言，這也是最好的結果。
    此時，嘉慶也將大權暫時集中在南書房，以備政權過度之用，阮元也得到更多重任，暫署兵部左侍郎，參與綠營各部將官任免調用之事。一時眼看朝廷之中，皆是王杰、劉墉、紀昀、董誥、朱珪等元老重臣，阮元也不禁感慨，此時已是眾正盈朝，再興盛治，或許有望了。
    只是阮元的日子，卻也一直不得安歇。雖然沒有了捉拿和珅，策應其中等機密要事可言，不需要再一直等到入更才能還家。可一時間南書房集中了大量各部公文，阮元既需要負責禮部乾隆大禮事宜，也需要參與兵部將官任免，每日在南書房中，依然辛苦。大多數(shù)入值之日，都需要一直忙到申正之后，才有可能退值，這在清代已經是極晚的退值時分。
    眼看北京城已是冬去春來，進入三月時分，阮元的公務卻一點不少。這一日，兵部擬定的部分將官改任奏疏被送到了南書房中，因涉及俱是提督、總兵之屬，阮元一時也不敢決策。便將英和、潘世恩一并找來，共同擬定改任之事。
    英和看著擬定的改任人選，問道：“阮侍郎，皇上自清除和珅一黨一來，所新任提鎮(zhèn)，俱是資歷深厚，多有功績之人。這份名單后面，也已經將各人近年的考課勞績，一一齊備。卻不知阮侍郎又有何建議，難道兵部如此謹慎的調任名單，竟也有不妥之處嗎？”
    阮元笑道：“其實并非如此，兵部這次調任官員，大多都是近年來為官勤勉，足以提鎮(zhèn)一方之人。這個在下是不反對的。只是這其中有個人選，在下覺得還是再行商議為好。”說著打開了名單，將手指指向了其中一個熟悉的名字：李長庚。
    “李長庚？”英和不覺有些疑惑，道：“文書中已有載明，李長庚在定海鎮(zhèn)任總兵兩年有余，一向勤勉，深得士眾之心，所以此次改任廣東的碣石鎮(zhèn)總兵，算是平級調動。而且，近年來東南沿海，海寇頻頻，這個阮侍郎在浙江難道不知道嗎？將他調任碣石鎮(zhèn)，我看著距離海寇更近些，引兵作戰(zhàn)反而方便呢。”
    “但在下卻認為，眼下應當讓李長庚繼續(xù)擔任定海鎮(zhèn)總兵為好。”阮元道。
    “那阮侍郎又有何高見？”英和問道。
    “在下以為，李長庚移鎮(zhèn)，有三不可。第一，李長庚在定海鎮(zhèn)不過兩年，若陡然調離，定海鎮(zhèn)軍心必然受到影響，而他在碣石鎮(zhèn)可謂初來乍到，還需要時間去熟悉軍情。這樣對于兩鎮(zhèn)而言，都不方便。第二，在下曾與定海鎮(zhèn)將官有所交流，得知他們僅嘉慶二、三年兩年，便積欠了一半軍餉，若是此時定海鎮(zhèn)無一令人信服之人坐鎮(zhèn)，萬一今年軍餉再次發(fā)放不及，只怕定海鎮(zhèn)軍中會有嘩變。第三，在下在浙江時，深知眼下海寇飄忽不定，閩浙粵三省俱有大批海盜出沒，并不是說浙江靠近東海，所受災難便要少于其他諸省，相反，海寇往往因浙省無備，竟北上突然襲擊浙江沿海。是以此時浙省各鎮(zhèn)總兵，不僅要選資歷