入城后，司馬懿屠十五歲以上男子七千多人，收集尸體，筑造京觀。把公孫淵所任公卿以下一律斬首，殺死將軍畢盛等二千多人。收編百姓四萬戶。同時，把公孫淵所任公卿的女眷分發給軍隊中沒有娶妻的將領士卒。
    將士謙讓，把公孫淵的五個侍妾送給了司馬懿，司馬懿笑一笑，收在軍中，隨軍。
    司馬懿釋放了當年被公孫淵篡奪官位的公孫恭，又為被公孫淵迫害的綸直、賈范等人修了墳墓，表彰他們的后代。
    下令說：“古代討伐一個國家，僅殺其中頑固兇惡的人而已。各位被公孫淵所連累的人，全部寬恕（就是“首惡必辦，協同無罪”）。中原人愿意返回故鄉的，各隨己愿。”
    當時司馬懿軍中有的士兵衣單寒冷，請求發給短襖，司馬懿不給，表示“襦者官物，人臣無私施也”。
    于是上奏朝廷，把一千多名六十歲以上的士兵解除兵役，送返回鄉。
    在原定一年的期限內，勝利班師。
    魏明帝派使者到薊去犒勞部隊，增司馬懿食昆陽縣，前后共二縣。
    曹魏數十年來遼東問題終于徹底解決。
    …………
    原本朝廷讓司馬懿便道往鎮關中。但當到達白屋時，有詔書召他火速回京，三日之間，詔書五至。魏明帝手書說：“間側息望到，到便直排閣入，視吾面”。
    據說，司馬懿在襄平時，曾夢見魏明帝枕在他膝上，說：“視吾面。”他俯視，見魏明帝面有異色。
    如今一見詔書此語，大驚，乘追鋒車晝夜兼行，從白屋到京城，四百多里，一夜而至。至則徑人嘉福殿內御床旁邊，滿眼流淚，指問疾病。
    魏明帝拉著他的手，目視太子齊王，說：“以后事相托。死乃復可忍，吾忍死待君，得相見，無所復恨矣。”（《三國志?魏書?明帝紀》為“吾疾甚，以后事屬君，君其與爽輔少子。吾得見君，無所恨。”）
    當天，魏明帝去世。時為公元239年（景初三年）正月。
    齊王曹芳年僅八歲，司馬懿乃與大將軍曹爽一起接受遺詔輔佐少主。
    齊王即位，司馬懿任侍中、持節、都督中外諸軍、錄尚書事，和曹爽各統精兵三千人，共執朝政。
    曹爽欲排擠司馬懿，想讓尚書奏事先通過自己，以便專權，向天子進言，改任司馬懿為大司馬。朝臣們認為以前大司馬，有好多都死在任上，不吉，于是任命司馬懿為沒有實權的太傅，像蕭何那樣，入殿不趨，贊拜不名，劍履上殿。
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    正始二年（241年）四月，吳帝孫權分兵四路攻魏：衛將軍全琮率軍數萬出淮南，威北將軍諸葛恪攻六安，前將軍朱然攻樊城，大將軍諸葛瑾攻祖中。
    五月，吳將全琮入侵芍陂，朱然、孫倫圍攻樊城，諸葛瑾、步騭（zhì）侵掠柤中，司馬懿自請出兵往討。朝臣認為，敵兵遠來攻堅，當待其自破，司馬懿則說：“邊城受敵人侵擾而大臣安坐廟堂，會使疆場騷動不安，眾心疑惑，這是社稷的大憂患。”
    六月，司馬懿統軍增援，司馬懿知南方暑熱低濕，大軍不宜持久在此，先派輕騎挑戰，朱然不敢動。于是，便休養土卒。檢選精銳，招募勇士，發布號令，擺出攻城的架勢。
    吳軍驚懼，連夜撤退。在三州口（荊、豫、揚三州），為魏軍追及，吳軍被殲萬余人，船艦物資損失甚多。而進攻六安、柤中的吳軍亦無功而還。
    七月，增司馬懿食郾、臨潁，前后共四縣，食邑萬戶，子弟十一人皆為列侯。司馬懿功勛德望日漸盛大，然而卻更加謙恭。
    司馬懿認為太常常林是同鄉長者，見了他總要下拜。
    常告誡子弟們說：“盛滿是道家所忌的，春夏秋冬尚且往返推移，吾有何德能居此高位。減損再減損，或可以免于禍啊！”
    此前，吳國派諸葛恪屯駐宛城，邊人深以為苦。司馬懿要率兵攻之，議者以為諸葛恪占據堅城，廣有糧谷，孤軍遠攻，救兵必至，那時進退失據，未見其便。
    司馬懿卻說：“賊所擅長的是水戰，今我攻其城，以觀其變化。賊若用其所長，棄城奔走，這是我們預定的目的。賊若敢固守城池，湖水冬淺，船不能行，救兵必棄船就陸相救，這就要進行他們不擅長的陸戰，這對我們是有利的。”
    正始四年（243年）九月，司馬懿率軍出征。軍隊到達舒城，諸葛恪果然焚燒積聚，棄城而走。司馬懿又巡視淮北屯田區，提拔農家子弟鄧艾主持屯田。
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    正始五年（244年）春，大將軍曹爽欲立威名，不聽太傅司馬懿勸止，力主伐蜀，魏帝從之。結果為蜀前監軍、鎮北大將軍王平所敗，魏軍被阻于興勢，后方也軍糧供應不上，牛馬騾驢大量死亡，蜀涪縣及費祎援軍亦相繼到達。
    曹爽見不能勝，被迫聽從司馬懿的勸告，于五月率大軍退還。遭蜀軍截擊，魏軍苦戰，始得退回，失散、傷亡甚眾。
    正始六年（245年）八月，曹爽廢置中壘、中堅營，把兩營兵眾統交他的弟弟曹羲率領，司馬懿援引先帝舊例制止，曹爽不聽。
    正始七年（246年）正月，吳兵入侵柤中，有萬余家百姓為避