中俄雙方在黑龍江上游展激戰的時候，在南京的商毅也把精力都放到了平定遼東地區的叛亂事務上來。因為在東北戰場上，商毅對中華軍的戰斗力，以及童大勇的指揮能力是相當放心的，而且中華軍的兵力，是俄軍的二三倍，因此東北邊境的戰爭，其實根本就不需要商毅擔心。
    當然商毅雖然關注遼東的叛亂，但和內閣的擔擾并不一樣，因為商毅從來就沒有認為，在遼東地區的叛亂，會動搖帝國的統治基礎，那怕是使清廷復避也都是不可能。只要中華軍的大軍一到，反叛的勢力就會被立刻被平定下來。因此商毅也并不是對遼東叛亂擔心，而是擔心這次叛亂對遼東地區造成的破壞。
    在穿越之前，商毅所接受的歷史教育中，對于中國古代的農民起義，一般都是做比較正面評價，當然從反抗暴政、反抗壓迫的角度來說，農民起義也確實具有一定的合理性和進步性，如果一個民族在面對暴政、壓迫，都不敢反抗，那么這個民族也確實沒有前途了，畢竟中國農民其實是世界最老實的人，如果不是把他們逼得走頭無路了，是不會使用暴力反抗的。當然一般來說農民起義的領頭者，大多都不是真正的農民，但主體都是由農民組成的。
    但另一點也是不可否認的，就是無論是在什么時候，農民起義對社會生產、經濟造成的破壞相當嚴重，而在后世的歷史教育中，往往都有意避開這一點。盡管說野史流傳的黃巢殺人八百萬、張獻忠屠盡四川等等有相當的夸張成份，但這也說明，農民起義確實對社會造成相當大的破壞，這也就是為什么農民起義往往聲勢浩大，但能夠成事的，卻寥寥無幾的原因。
    當然這一次遼東地區發生的叛亂，并不能算是農民起義，免強只能算是民族反抗，但對社會生產、經濟造成的破壞性，和農民起義是一樣的，甚致還會更大，因為這里面還夾入了不少民族主義的成份。
    清廷在入關之前，在遼東統治了二十余年，雖然一直都在壓制漢族人，但對遼東地區的社會生產發展，由其是農業發展，還是起了相當大的作用，當然在南北戰爭的時候，由余要支付龐大的軍費，清廷也對遼東地區增收了許多重稅，對社會生產造成了一定的影響，但也并不大。
    而在中華軍進軍東北的時候，在遼東戰場上的戰爭時間并不長，也沒有發生過大規模的戰斗，因此遼東地區的生產也沒有受到多大的破壞，在戰事結束之后，遼東又回歸到漢族的中央政權，社會生產也很快得以恢復。同時帝國在遼東地區大力打壓滿族、扶植漢族，剝奪了滿族貴族占有的土地，分配給漢族人，也調動了不少漢族人的積極性，因此在兩年之后，遼東地區的生產不僅完全恢復，而且還有了一定的發展。
    遼東地區是中國東北部的重要地區，商毅當然不希望遼東地區遭到嚴重的破壞，因此也希望遼東的叛亂能移盡快的平定下來。而且就聲勢來說，這次叛亂也確實不小，就在內閣制定了內外方略之后的幾天，就連續收到遼寧省發到南京的報告，又有七八個地方的村落發生了叛亂。一時之間，整個遼寧省，包括吉林省的一部份地區，叛亂的村鎮己經超過了二十個。反判的主體當然是滿人，也有相當一部份是原來的漢軍八旗。
    其實新帝國建立之后，雖然對滿人進行了一些打壓，但并不是壓迫，只是取消了滿人的種特權，基本的生活還是可以保證劰，但由于前后的反差實在太大，因此也讓滿人心里產生了極大的不平衡，當然如果是在中國的其他朝代，大多數人估計也就釆取了隱忍，畢竟明白一點的人都知道，這樣的反叛是根本就不可能取得成功的。
    但現在的滿人還保持著漁獵游牧民族的悍勇尚武性格，人人都善于騎射戰斗，而不是后世只會提籠溜鳥的八旗孑弟，但頭腦相對簡單，并不會去多想什么后果，多數都是你不讓我好過，我也不讓你好過的想法，而且遼東地區本來就是滿人比較集中的地區，結果有了一個帶頭的，也就會立刻有不少人響應。
    不過反叛發生的雖然很廣泛，表面上也很浩大，但絕大多數都是集中在鄉村地區，能夠攻占城鎮的寥寥無幾。這一方面是因為在遼東地區定居的多數還是漢族人，他們都不愿隨滿人反叛，就是在滿人當中，也有相當一部份人不愿反叛，因此就是被強迫加入叛軍，也會千方百計的想要逃跑。結果經常是在起事的時候會聚集不少人，但過不了兩天就會逃亡大半，或帶出去溜一圈，也散走了許多。
    而另一方面，遼東地區的基層官員大多都是中華軍退役的老兵，不乏中下級的軍官，他們都上過戰場，見過大場面，又有豐富的戰爭經驗，在叛軍進攻的時候也不會驚慌害怕，相反會極積組織指揮地方軍隊進行抵抗，甚致向叛亂者發動進攻，在這場叛亂中也發揮了很大的作用。雖然地方軍隊的戰斗力肯定無法與中華軍相比，但一群由獅孑率領的綿羊是可以戰勝一群由綿羊帶領的獅子，更何況地方軍隊并不是綿羊，而叛軍也不是獅孑。在這樣的情況下，各路反叛的隊伍也很難攻占城鎮。
    正因為如此，遼東發生的叛亂雖然看起來，實際并不怎么樣，許多地方的叛亂其實并未持續幾天，要么是被地方軍隊平定下去，要么就是叛亂者自己都