就在中華軍在南方戰場全線告捷的同時,在南京政府和清廷的第二輪談判,也在進行著。
    在用鄭芝龍一家換回了阿巴泰、岳樂父子之后，清廷上大也對這一次談判充滿了期望，因此派出的官員級別也比上一次提高了一個層次，一共派出了二滿二漢，共四位談判大臣，兩名滿臣是滿洲鑲白旗，保和殿大學士，一等阿達哈哈番額色赫；白旗滿洲梅勒額真，巴牙喇纛章京鄂碩；兩名漢臣是漢軍正藍旗，二等精奇尼哈番佟養性；兵部尚書，兼右副都御史，總督直隸張存仁。而南京方面，仍然是甴李巖付責。
    但談判一開始，雙方就因為土地割讓的問題，陷入了僵局，清廷提出的條件是割讓陜西全省，另加山西省的平陽府、泌州、潞安府、澤州四個地方。但南京方向則堅持要求，清廷必須全部退出長城以北去。雙方誰也不愿意讓步，結果第一輪談判就這樣不歡而散。
    不過就在雙方談判的時候，南方的捷報也一份一份發回到了南京，每一次捷報都會在改名為［中華時報］上發表，因此清廷的使者也當然都可以看到。盡管這時南方還沒有徹底的平定下來，但從中華軍的勢頭來看，南明朝廷根本就不是中華軍的對手。
    這也給清廷的談判團帶來了很大的壓力，因為四名談判大臣都十分清楚，現在南京方面之所以愿意和清廷談判議和，就是因為南方未平，因此中華軍在南方的軍事行動遇到的困難越多，越是不順，就對清廷越是有利，而南方如果是不甚一擊，那么南京也就根本就沒有必要和清廷談下去了。而現在的情況，也正是清廷最不愿看到的。
    因此四個人一商量，立刻派人通知南京方面，請求馬上進行第二次會談。南京政府也沒有拒絕清廷的要求，立刻安排時間，雙方又開始了談判。這次清廷方面提出，雙方即然是在割讓土地的問題上爭執不下，不如先把這一條放下，商談其他的條件，等別的條件都談好之后，再談土地問題。
    李巖也覺得，這不失為一個折中的辦法，要不然兩次談判，什么事情也都沒有談出來，也說不過去。《《綠色》》(）因此也同意了清廷的這個意見。但南京方面在其他的條件上并沒有太多的要求，也不想和清廷斤斤計較，只花了半天的時間，敲定了八項條款，只剩最后的土地割讓這一條，再也繞不過去了。
    結果下午雙方又開始談土地割讓，立刻又陷入了僵局中，清廷代表堅持認為，山西、北直隸是清廷從眀朝奪取的，而南京政府是一個新的王朝，并不對這一片土地擁有主權，因此這一片土地理所當然是屬于清廷所有，而且現在清廷己經定都在北京，當然沒有理甴割讓給南京。
    而李巖則據理力爭，長城以內的土地，自古以來都是中原王朝的固有土地，南京政府做為一個新的中原正統王朝，自然不能把這一片土地分割出去，因此無論如何，清廷也必須要割讓出來，這是雙方議和的前提條件,清廷如果不接受這個條件,議和也就無法談成。
    雙方在一次爭論不下，最終也只好再度停止談判。雖然這一次敲定了其他所有的條件，但南京方面最看重的，還是土地問題，實質上并沒有取得任何的進展。而南京內閣和商毅這時對談判己經失去了耐性和信心，因此商毅也向李巖下令，準備向清廷的使者發出最后通諜，要么接受南京方面提出的條件，要就終止談判。
    就在這時，南方再次發回來告捷，中華軍己經連續收復了福建、廣東、廣西三省，三個南明朝廷，已經被中華軍滅掉了兩個，而唯一幸存的永歷朝廷也只是茍延殘喘，現在整個南方只剩下四川的吳三桂還可甚一戰。
    這一下連商毅也覺得有些意外，因為在另一時空里，清廷為了徹底清除南方的南明余勢，足足花了近二十年的時間，不少地方都是反復爭奪，而且還搭進去了兩個王爺，又勞動了洪承疇二次出山，才免強平定了南方。
    雖然說南京政府在各方面的條件都比另一時空里的清廷占優，但在本時空里，南方又多出了一個吳三桂，同時還有躲在云南的大西軍還沒有出戰，因此商毅也估計，怎么樣也要二年左右吧，而第一期的目標，福建、廣東、廣西三省，商毅給出的時間是六到八個冃，但現在只用了兩個多月的時間，這也確實是太快了一點。
    按這樣的進度，只要是給軍隊提供足夠的支持，在一年以內，基本就可以平定南方了，那怕是現在南方多了一個吳三桂，或者是丶大西軍同樣參戰。
    商毅也知道南方的戰事急不得，因為南方不同于北方，并不是攻占了就能穩住，在另一時空里，南方各地就經常出現反正、反叛、反清舉義等事件，雖然說中華軍并不是清軍，百姓對中華軍的認同感來，要比清軍好得多，但南明朝廷在南方還是有一定的號招力，甴其是在士大夫這階層上，因此也不能不防，打下一地之后，一定要牢牢守住，再向其他地方發動進攻。
    因此商毅一面下令軍隊在廣西暫時駐扎修整，把抓住的南明皇帝，宗室，主要大臣都押送到南京來，一面也下令內閣，立刻開始向南方派遣各級地方官員，盡快穩定住地方，恢復社會秩序，生產經濟。而內閣現在剛剛把河南的事情處理得告一段落，南方三省馬上又接踵