西班牙駐臺灣基隆的守將名叫波特里澳，他本來滿心歡喜的到碼頭來迎接西班牙遠征軍的副司令官，但萬萬沒有想到，回敬他的，卻是黑洞洞的槍口。
    其實這根本就是一場毫無懸念的戰斗，甚致都不能稱為戰斗了。因為波特里澳毫無防備，只能在碼頭邊上策手就擒。商家軍兵不血刃，甚致連槍都沒有放一聲，就占領了碼頭，然后留下一部份士兵守衛碼頭，商毅和亞莉桑德拉立刻指揮著軍隊，直撲基隆城。不過在這個時候，基隆還叫做雞籠。
    商家軍在雞籠城下，同樣沒有遇到什么抵抗。因為波特里澳出奇的配合，叫開了雞籠城的城門，也免去了一場攻城戰斗，盡管商家軍也為此準備了十門火炮，其中還有兩門是重型火炮。
    這到不是波特里澳想投靠商毅，而是因為盡管這只是商家軍的先頭部隊，但人數也達到了一千六百多人，而且全副武裝，武器精良，還有十門火炮。而西班牙在雞籠城里的守軍一共才二百多人，加上土著兵也才四百多人,也沒有重型火炮。波特里澳也明白，雞籠城里的西班牙軍也根本就不可能是商家軍的對手，負隅頑抗只有死路一條，同時商毅也向他保證，只要放下武器投降，將保證西班牙人的人生安全，因此波特里澳也別無選擇。
    商家軍十分順利的開進了雞籠城，解除了西班牙軍隊和土著軍隊的武裝，控制他們的行動，并占領了全城。到了黃昏時分，后續的大隊船隊也到達了雞籠港，同時也占領了雞籠港外的社寮島（基隆和平島）。而波特里澳見了,也更加慶興自己的選擇，以這樣一支兵力，就算是攻占全臺灣，也不會費太多的力氣，那是自己這一個小小的雞籠城能夠阻擋得了。
    當天晚上，商家軍就在雞籠城外駐扎，商毅則毫不客全的住進了波特里澳在雞籠城里的府邸里。
    這個時代的臺灣才剛剛開始開發，本身的生產還十分落后，土著基本都還停留在原始社會的生活水平。像樣的城市沒有幾個，雞籠城實際還不如浙江的一個普通小縣城。所謂的城墻，也不過就是個土圍小。不過經過了顏思齊和鄭芝龍二代的幾次大規模移民之后，先后有數萬明朝百姓移遷到臺灣，也初步帶動了臺灣的生產發展。在雞籠城里，就有一千余名漢族百姓居住，另外還有一千多當地的土著。
    商毅招見了幾名百姓中比較有威望的老人，聲明自己是代表大明朝廷，來收復臺灣，讓他們不要害怕，各安生產。并出重賞尋代向導。
    雖然這些居民對商毅的說法也是半信半疑，但商家軍進城之后，軍紀嚴明，包括亞莉桑徳拉的西班牙雇傭軍在內，確實也對城里的居民都是秋毫無犯，而且還幫居民們做事，和以住西班牙軍隊的行為確實是大相庭徑，再加上畢竟是同根同源，本能也要親近一些，而且大明朝廷在華人心目中，還是有一定的威信力，因此也就慢慢放松了戒備之心。同時也有人應征，充當向導。
    西班牙人是在1628年開始在臺灣駐軍，他們就是在雞籠港登陸，并在臺灣北部先后建立了圣地亞哥城（臺北縣三貉角）、至薩爾瓦多城（基隆和平島）、圣多明哥城（淡水）等三城。因為雞籠正好位于這三城形成的三角形中間，因此西班牙人也稱雞籠為“至圣三位一體城”。在1634年西班牙軍對出兵攻占了噶瑪蘭（宜蘭），將臺灣的東北部全部化規為自己的勢力范圍，建立起殖民統治。
    現在雞籠、社寮島都被商家軍占領，而在第二天一早，商毅就下令，分兵三路，在向導的帶領下，還帶上了幾名西班牙軍的軍官，向西班牙人的另外兩座圣城：圣地亞哥城和圣多明哥城，以及噶瑪蘭發動進攻。全面奪取西班牙軍在臺灣的地盤。
    西班牙軍在臺灣的駐軍最多時達到一千五百余人，但在1638年因為菲律賓總督科奎拉征伐摩洛族，需要兵源，因也從臺灣調走大部駐軍。這時全臺守軍不足七百，只能集中兵力來守衛雞籠和噶瑪蘭兩地，圣多明哥城幾乎己經完全放棄，圣地亞哥城的守軍也只有一百多人。只有在噶瑪蘭到是還有二百四十多名守軍和五百多土著兵。
    因此在商家軍的兵鋒所到，又有西班牙軍的軍官勸降，圣地亞哥城和圣多明哥城都開城納降，沒有暴發過一場戰斗。只有駐守噶瑪蘭的西班牙軍卻拒絕了勸降，同時也對商家軍的危脅：破城之后，所有西班牙士兵一率槍決。不屑一顧。堅決要與商家軍一戰。
    于是商家軍又等了一天，才向噶瑪蘭發動進攻，結果在商家軍的十門火炮的轟擊下，不到一個時辰，噶瑪蘭的土圍城墻即土崩瓦解，而守衛噶瑪蘭的西班牙軍和土著兵也被打得死傷慘重。這才知道雙方的實力相差太遠了，只好也投降。整個戰斗只用了不到半天時間。
    而至此，西班牙人在臺灣的勢力也全部都被商家軍接收。離商家軍踏上臺灣的土地，僅僅只有三天時間。
    隨后商毅下令，通知商家軍管轄地區內的各華人，當地土著，到雞籠城來參加會議。
    臺灣土著在后世統稱為高山族，實際可以細分為泰雅、賽夏、布農、鄒族、魯凱、排灣、卑南、阿美、達悟-邵族等十余個族群。臺灣土著是以社為居住單位，大體相當于村、寨一類。一個社少則一千余人，