成三個營，商毅將這三個營暫時編入到三個主力團中，三個新營的各級軍官一部份由考核成績優秀的新兵中選拔，也有一部份是從三個主力團中抽調，馮進、章一平、吳禮林都當上了連長，也是新兵中官職最高的人。但三個新營的營長全部都是由老兵擔任，以達到以老帶新的目地。
    而落選的和新加入的預備軍合計約還有二千五百多人，商毅將他們也編成三個營，李定國、沈云英，還有另一名原明軍的把總劉遠報出任三個營的營長。
    雖然這一次李定國和沈云英沒有參加選拔，但他們都親眼目睹了商家軍選拔正式士兵的全過程，因為整個選拔的過程即嚴厲而又公平，選上的固然高興，選不上的也無話可說。只能怨自己平時訓練不足。說穿了中國人其實都是不患貧，患不公。因此兩人也對商毅佩服的五體投地。
    整編完畢之后，商家軍的總兵力接近一萬六千人，加上預備軍和輔兵，總計有兩萬多人。與剛南下時相比，兵力增加了三成多，對實現商毅立足浙江的目地，基本足夠了。
    隨后商毅才下命，整理錢糧物資。準備東進。
    這時南下收獲不小，主要是從張獻忠身上狠狠的發了一筆橫財，共計獲得了白銀七十余萬兩，糧食十多萬石。不過由于武昌的難民消耗巨大，而且安置居民也花費了巨大的錢糧費用，因此總計花耗了十萬多兩白銀，兩萬多石糧食。另有馬匹近四千匹。這也是商毅要擴大騎軍營的重要基礎。同時還擁有大小船只一百三十二艘。因為武昌到南京正好是沿江而下，因此商毅也決定，船只用來裝運錢糧物資，士兵沿江步行。
    不過得知商家軍要離開武昌，居民都來見商毅，忍請商家軍留下來繼續保護武昌府，百姓們紛紛下拜，哭聲盈野。連不少商家軍士兵也都十分感動。
    幾名受百姓公推出來的老者跪在商毅面前，叩頭不止，道：“商將軍啊！我們這輩子也沒有見過你這樣的好官，你這一走，要是賊寇再殺回來，我們可怎么辦啊！你就留下來吧，就留在武昌府別走了。”
    王夫之在一邊看得十分感動，也勸道：“鄉親父老們，你們放心吧，商將軍另有重任在身，不得不離開，而且朝廷會馬上派遣地方官員來管理武昌，也就和我們留下來一樣。”
    有一個老人聽了，道：“王先生，這年頭朝廷的官員那一個不是只想貪污發財，有誰會管我們這些百姓的死活，上那兒還去找商將軍這樣的好官。他這一走叫我們怎么活下去呀！”
    王夫之聽了，心里也只能苦笑，他雖然沒有做過官，但也知道這個老人說得一點都不假，現在就是這樣的世道。
    商毅心里也被弄得酸溜溜的，只好道：“各位鄉親們，你們的好意我都知道，其實我也不想離開武昌府，可惜我并不是湖廣的官員，只是平亂到這里來，如今朝廷有令下來，我也不得不離開。不過張獻忠以經被我們趕跑，諒他也不敢回來了，你們就放心在武昌安居，重建家園吧，我會給你們留下一些錢糧，曰后如果有緣，說不定我們還會再回來的。”
    眾人聽商毅這么說，也知道挽留不住，只好一個個都向商毅叩首告別。隨后商毅又下令，給每一戶人家發放五兩白銀、五斗糧食，至少可以保證他們未來二三個月之內的生活。
    大軍啟程之后，還有不少百姓們跟在人馬兩側，一直送出十幾里地。