人事安排，首先要上表朝廷，推舉唐鎮為山東都司指揮僉事，周世奇為經歷司經歷。指揮僉事和經歷都是都指揮使司的從屬官職，一個正四品、一個正六品。同時又推舉周少桓為奇山所千戶、成進為金山左所千戶、**力百尺崖后所千戶、羅遠斌為海陽所千戶，楊武丞和周琦為千總。
    現在山東都司還沒有都指揮使，指揮同知也只有商毅一個人，山東地區的所有衛所實除都是商毅一個人說了算，而且朝廷正要用他，因此推舉幾個所千戶，千總，朝廷還是會給這個面子的。不過就算朝廷批了下來，眾將也不可能馬上就去上任，因為馬上就要出兵了。只不過是讓每個人都有一個正式的官職而己。實際上商毅的人馬和駐地依然是穆陵關和南北的兩個縣。
    而接下來才是重點，商毅要正式成立自己的幕僚機構。
    明朝的官員，由其是地方官員，一般都會有自已的幕僚機構，這里面什么人都有，一些都有功名但沒有官職，或是閑散小官不得施展的文士，往往都把給重臣當幕僚做為自己的進身抬階，一般都是幫東主做一些文字性的工作，有時也會派一些重要的活給他們干，而在東主遇到難事的時候，也會招集幕僚們來商議對策。其中到也確實有一些人有真材實料，當然也不乏一點本事沒有，只能干一些幫閑打雜事情的人，也扎在里面混吃混喝。
    不過商毅需要的并不是這種幕僚，而是借成立幕僚機構，來組建一個完善行政管理班子。其實在商毅進京之前，穆陵關里就以經建立了一個基本的行政機構，但現在商毅手底下管著近十萬軍民，先前建立的行政機構顯然以經管不過來了，同時在未來還要建立新的根據地，攤子一定會比現在大得多，因此未雨綢繆，進一步完善行政管理機構，還是非常有必要的。
    按商毅的計劃，手下的行政班子將分為民政部和統戰部二個大部門，分別管理民政和軍政。民政部下面又分為六個分司：行政司，總管目前兩縣一城的所有民事事務；仲栽司，管理民事糾紛事務，維護地方治安；農田司，負責農業耕作，畜牧、農田水利建設、糧食收存事務；教育司，主管教育事務；財政司，主管財務；工建司，負責民用各項建筑、施工工程。這些部門有三個是原來就有了的：民政司，教育司，財政司。另外三個新增設的：仲栽司，農田司，工建司。
    另外還設立審計司，負責財務審計監督；文書司，負責處理有關的公文來往，人事檔案資料等事務。這兩個司將受商毅直接領導。
    而統戰部以下分為四個部門，參議司，負責組織安排，監督檢查士兵的訓練，制定作戰計劃，核算戰爭成本；軍情司，負責收集各種情報信息；軍器司，負責各種軍事器械制造；后勤司，負責軍隊的后勤物資供應安排。
    這樣一來，管理機構更加完善，部門分得更為細化，同時互相分工也更為目確，行政管理的效率也會大大提高。雖然還有一些不足之處，但在現階段是完全足夠的。
    而各司主事者的人選安排，過去有的，還是基本保留原來的人選，只是做出一個改變，就是過去主管財務的是葉瑤瑱，管審計的是孫和京，現在將兩人互調過來。而其他新增設的各司主事，經過商毅和葉瑤瑱、周世奇、唐鎮等人的仔細商議，也都一一做了決定。
    最終民政部六司主事的人選為：民政司主事為周世奇；財政司為孫和京；教育司主事陳義文，他原是臨朐縣的教愉，出任教育司主事到正合適；仲栽司主事為王仲平，過去是沂水司的巡檢，和商毅有過幾面之識；農田司主事孫成，他過去是沂水縣的縣丞，也和商毅等人都相識；工建司主事魯石，他是從過去軍器工坊中分離出來。