扎倉（即僧院），包括三個顯宗扎倉和一個密宗扎倉。三個顯宗扎倉都依據宗喀巴三師徒所著經典各持己見，羅賽林扎倉習用班禪索扎之經典，郭芒扎倉主修貢欽降央協巴之經典，德陽扎倉主修****之經典。阿巴是密宗扎倉。
    措欽大殿（“措欽”意為大法堂）位于哲蚌寺中心，是哲蚌寺的主要建筑，占地面積約4500平方米。大殿內，經堂面積約1800平方米，共有183根立柱。規模宏大，裝飾華麗。
    大殿內的造像，生動傳神，大文殊像及白傘蓋像極為精致，殿內供有哲蚌寺的主要信仰物——右旋法螺。據說這是哲蚌寺破土動工時，宗喀巴從“廓布山法庫”掘出的一只法螺，贈予弟子扎西班丹，預祝他建寺圓滿成功，并以此為基地，弘揚佛法，廣建寺廟。
    弟子扎西班丹把它尊為佛祖所賜的寺寶，珍藏在寺內。大殿后面是扎西班丹當年修行的凈室。
    措欽大殿里還保存有二世****的靈塔。殿東有一個很小的山洞，只能容一個人進入，是當年宗喀巴閉關靜修的地方。
    哲蚌寺每逢大型佛教紀念日和藏歷每月的望晦日（即十五日、三十日）等吉日，都要舉行相應的法事活動，其中場面最大的要算“哲蚌雪頓”了。每年藏歷六月三十日“雪頓節”當天清晨，哲蚌寺都要舉行盛大法事，展覽巨幅佛像唐卡畫，之后舉行藏戲會演。
    在陳慧琴他們到來之前，寺廟已經被重兵團團圍住。士兵們在檢查著所有的行人，連寺眾都被要求在各自工作區域行動，不要串聯。
    在哲蚌寺的一間保護極嚴的禪房內，迎接皇上和陳慧琴的是一個十歲的小喇*，他就是皇帝要拜訪之人：根敦嘉措。
    按照規定，拜訪之人必須與被拜訪者進行佛法探討，此目的一則宣傳佛法，二則有比賽的意思。很多寺院都喜歡有人與靈童論法，從而提高靈童對佛法的悟性。
    陳慧琴先問：“何為喜樂？何為痛苦？”
    “萬物皆無常，有生必有滅；不執著于生滅心便能寂靜不起念，而得到永恒的喜樂。人因企求永遠的美好、不死而生出了痛苦。”小喇*答。
    “為何痛苦？”小喇*反問。
    陳慧琴答道：“每一滴水都是海。人因有自我，便產生了痛苦！由自我的觀點產生了過去、未來，產生了好、壞、順、逆，人一直活在企盼與欲望中。”
    “為何痛苦？”小喇*再問。