隨后毛鈺在歸德城內將海軍的五個艦隊和幾個基地做了重新規劃和編組并且立即下達各單位遵照執行。
    海軍衙門設立司令部，駐點舟山。負責整個海軍衙門的各種指令發布。毛鈺自然就是總司令！司令部直屬內衛團一個。
    司令部下設作訓處、參謀部、情報局、后勤處、裝備部。
    其中作訓部在濟州島、舟山島、臺灣島分別有騎兵、步兵和海軍訓練場，負責海軍衙門所有的的戰兵訓練計劃的制定和執行。張壽任作訓處總指揮，孔有德、尚可喜、文靈為副指揮。
    后勤處設在舟山負責全體將士的衣食住行和家屬安置以及戰后獎勵、撫恤等發放。徐玉順為后勤處副指揮。
    裝備部負責軍隊的艦船、火炮、火槍、盔甲、彈藥等所有戰場武器的研發、生產、列裝、維修。孫元化為裝備部總指揮，畢懋康、宋應星為副指揮。
    參謀部負責戰場情報整理分析、作戰計劃的制定和調整以及戰后總結分析。朱之瑜為參謀長，耿仲明兼任副參謀長。
    情報局負責國內外海陸軍以及其他有關軍士的情報收集、整理、分析、匯報、應對等。顏永林為總指揮，董建安為副指揮。
    除了舟山和臺灣兩個基地外，成立北海艦隊、東海艦隊、臺海艦隊、南海艦隊、太平洋艦隊和遠洋艦隊。
    北海艦隊管轄區域從流云島到廣鹿島萬里海域。不過日本除了春日山港外全部劃出。未來兩年的重點是濟州島養馬成的建設，要求從奴兒干都司搶奪不少于兩萬匹戰馬。完成新兵補充后北海艦隊擁有海軍4500人，陸戰隊員3000人。
    同時在濟州島成立騎兵訓練營兩年內訓練騎兵一萬兩千人組建兩個騎兵師。文靈為訓練基地負責人。
    舟山艦隊更名為東海艦隊，管轄從青島到洞頭島的廣大海域以及黃河、黃河、長江、錢塘江等內河流域。
    主要停靠軍港將包括舟山、青島、崇明島、大陳島。大陳島支隊并入東海艦隊。耿仲明為總指揮，毛安、李守信為副指揮。完成編制后舟山艦隊將擁有海軍8500人，陸戰隊2000人輔兵2000人。
    舟山島擬組建兩個陸戰師，預計總兵力14000人。孔有德、尚可義擔任師指揮。下管轄兩個炮團，四個陸戰團，兩個山地團。徐玉林、沈建峰、毛輝、文善等任團長。
    金塘島組建一個內衛獨立團，毛赟任團長。包括一個重炮營兩個海防營和一個特戰營。金塘島的防衛將相對獨立。戰兵2000人。
    那霸艦隊更名為太平洋艦隊。管轄太平洋除了其他個艦隊之外的廣袤海域以及琉球、日本的護航和新大陸的探索。艦隊海軍4500人，陸戰步兵2000人。
    臺灣艦隊更名為臺海艦隊，南日島支隊并入臺海艦隊。尚可喜為總指揮，曾立剛、毛承福為副指揮。主要任務保衛臺灣島和臺灣海峽的安全以及福建沿海所有內河巡邏以及海船貿易巡查。戰兵8500人，輔兵2000人。
    主要駐點包括高雄、基隆、泉州等。
    臺灣島擬組建兩個陸戰師約14000人，毛永杰和毛友俊擔任師指揮。下管轄一個工兵團、一個騎兵團、一個山地步兵團、一個空軍團、兩個特戰團和兩個陸戰步兵團。
    金門艦隊更名為南海艦隊，負責廣東沿海、北部灣和南海北部的巡防和廣東沿海內河管控。駐點從南澳島到占城。成型后海軍4500，陸戰隊2000人。廣州和海軍港建設完成后將撤出金門島。
    原南海艦隊更名為遠洋艦隊。艦隊主要負責南海航運安全和牽制打擊荷蘭、西班牙在當地勢力兵盡快控制馬六甲海峽，形成對遠洋的探索和護航能力。基地主要為文萊、馬達維亞和馬六甲等地。最低規模海軍4500人，陸戰隊2000人，標準配置為海軍6000人，陸戰隊5000人。
    如果朱由檢拿到這份計劃書，肯定第一時間將毛鈺砍了。這兩個基地加上五大加隊總兵力將達到97500人之多。如果再加上商船的護衛以及國昌隆和華昌貿易的護衛，一旦朝廷與毛鈺翻臉這個數字可能就會變成12萬甚至15萬！
    另外這份計劃書中還有包括張壽、孫元化、畢懋康和毛承福等敏感人物在內，朱由檢要知道了肯定得發飆啊！
    其實要想成為一個海上強國這樣的海軍規模并不大。如果毛鈺是皇帝這個計劃書至少要翻倍，最起碼要多組建兩個艦隊去歐洲和新大陸玩玩、但是在朱由檢和絕大多數朝廷重臣眼里，毛鈺也就是有十幾艘戰艦，一兩萬人的規模。他們認為也足夠了，畢竟都是茫茫大海又沒什么陸地要那么多人干什么？
    在大多數人看來毛鈺能夠包圍歸德城是將大陳島和南日島的漕幫成員全部拉上戰場。并且利用了農民軍取勝后得意忘形、麻痹大意而鉆了空子。
    毛鈺穿越已經八年，歷史的慣性幾乎沒有因為毛鈺的出現而有多大的改變，尤其是動搖大明根基的動力和農民軍基本上是到點打卡。
    如果說有什么改變的話就是晉商八大家基本完蛋了。或許將來還會有新的八大家，但是企圖通過海運將大量的糧食送給東虜是絕對行不通了。毛鈺不介意冒頭一個干掉一個！