長崎自開港以來，一直遭到同行做南蠻貿易（日本與西班牙、葡萄牙、暹羅、安南等國商人之間實行的貿易）的松浦氏嫉恨以外，主要還有長崎附近信仰佛教的諫早領主西鄉純堯及其弟深堀純賢，曾數次出兵侵攻長崎附近的教會，都被大村純忠擊退。
    后又屢用計謀，想要離間大村純忠和有馬義貞兄弟，乃至于暗殺大村純忠，但都沒有得逞。最后大村純忠終因不堪其擾，遂向羅馬教廷派來日本的巡察使亞歷山德羅·瓦利格納諾請求將長崎以及附近的茂木完獻給教會。
    其目的在于利用教會的力量維護長崎的安，而大村純忠既能確保當地的稅收收入，也可在必要時前往避難。瓦利格納諾在經過將近一年的深思熟慮之后答應大村純忠的請求。
    義軍一舉攻下大村氏居城，馬不停蹄一路南下攻城略地，大村氏在各地的領主鎮守的小城根本難以抵擋義軍來勢洶洶的攻勢，紛紛跟著主公大村喜前逃走。
    諫早領主西鄉純堯及其弟深堀純賢領兵近四百余人抗拒，遭到義軍席卷殺來，猶如螳臂當車的諫早領主西鄉純堯兄弟及其族人被義軍悉數殺死，收編其殘兵。
    與此同時，作為偏師的陳阿信主戰營第一隊一路水陸并進南下攻城略地，直抵長崎，義軍在陳阿信指揮下攻殺大村氏長崎奉行，并未急于進攻西夷弗朗機人控制的長崎港，倒是繳獲了大村氏在長崎的大小戰船十余艘。
    陳瀚拿下諫早城后屯軍于此，而島原高來郡的有馬晴信接到堂弟大村喜前的使者求援后，立即帶著一千大軍北上救援大村氏，還未趕到諫早城就得知義軍已經攻破諫早城，西鄉氏被滅族。
    “忒帶（撤退）”二十來歲身穿鬼頭獅面盔甲的有馬晴信得知義軍兵力眾多，來勢洶洶，有馬軍在有馬晴信指揮下朝著南面山地有利地形撤退上去。
    義軍五百先鋒倭人營已經出現在有馬晴信大軍陣前不遠處的北面，更有三百浪人營出現在有馬軍東面，退回島原的路幾乎已經被封堵了，唯有翻越云仙岳北麓崇山峻嶺回到島原居城。
    有馬晴信當即下令道：“結陣，鞏固大陣。”
    義軍大隊人馬在后趕來列陣西面，黃阿有統率著千余浪人營、倭人營及主戰營第二隊六百人，近一千五百大軍，按照都督陳瀚的軍令進軍島原城，但是令雙方都沒想到的是會在云仙岳北麓發生遭遇戰。
    有馬軍占據有利地形，義軍先鋒突然遭遇有馬軍，先是封堵住了有馬軍的退路等待大軍趕來。
    黃阿有在馬上看著依山結陣的有馬軍大感頭疼，有馬晴信經歷沖田畷之戰，有以少擊多的作戰經驗，黃阿有不敢輕易迎戰，將大軍集結在東面山嶺上死死擋住有馬軍歸路。
    有馬晴信見對方不來攻，深感失策，當即下令數百大軍出陣挑戰，黃阿有也不甘示弱，立即命浪人營出戰，雙方在山間谷地上展開對攻，戰場上硝煙彌漫，槍聲大作，鉛彈箭矢橫飛。
    “駝子你給（沖鋒）”有馬晴信借著硝煙彌漫掩護下令有馬軍軍攻下山去
    黃阿有聽著山下喊殺聲大作，反應明顯慢了一拍，見手下浪人營開始潰敗了，慌忙下令道：“軍進攻，給我殺。”
    義軍主戰營在黃阿有帶著沖殺下山來，火銃手在前開槍射殺追著浪人營沖殺趕來的有馬軍，弓箭手在后放箭，倭人營護衛左右兩翼，義軍在黃阿有指揮下從容有序阻擋著有馬軍來勢洶洶的攻勢。
    崩潰的浪人營將士慌不擇路被射殺了十幾人后紛紛從義軍大陣左右兩翼繞道撤退回陣，義軍漸漸鞏固好陣勢，與有馬軍開始對攻。
    “殺給給”有馬晴信鳥叫著下令
    黃阿有也下令道：“放”
    雙方槍林箭雨朝著對方互射，有馬軍鐵炮輕足射速明顯落后于義軍火銃手兩三倍，義軍的定量裝彈藥節省了不少時間，三段擊接連不斷射殺有馬軍鐵炮輕足、弓輕足，有馬軍傷亡開始明顯增多。
    戰爭的天平開始向義軍一方傾斜，有馬軍士氣逐漸低落，陣中的鐵炮輕足在雙方互射拼消耗中死傷殆盡，就連弓輕足也死傷慘重，有馬軍陣勢有些混亂。
    義軍在黃阿有穩扎穩打下開始穩步向前推進，不斷射殺有馬軍。有馬晴信見勢不妙，一聲令下：“駝子你給（沖鋒）”
    有馬晴信親率有馬軍直沖義軍右翼，黃阿有指揮著義軍迎戰從右翼殺來的有馬軍，豈料有馬晴信虛晃一槍，趁機奪路而逃，朝著島原城逃去。
    “忒帶（撤退）”有馬晴信在馬上高呼下令
    有馬軍損失慘重跟著主公狼狽不堪落荒而逃，義軍在后蜂擁追殺而去，一路銜尾直追不放。
    黃阿有一直追著有馬晴信到島原城下，在城下町大肆劫掠一番方才收兵，扎營在島原城北五十里。黃阿有派人向主公陳瀚稟報島原戰況，言明自己兵力不多，不敢貿然攻城，扎營島原城北五十里，待大軍趕來再攻城。
    此時的陳瀚正在計劃拿下長崎港，一番深思熟路后親率大軍趕去長崎港，同時命木山六郎帶著三百義軍水師棄船趕來。
    陳阿信部義軍偏師沒有對長崎港的弗朗機人展開進攻，而是等待主公陳瀚的軍令。
    長崎之戰即將打響，葡萄牙人在長崎港約有三