宗教裁判所（TheInquistion）并非西班牙首創(chuàng)，其初始用意也不是施行宗教與社會恐怖。“inquisition“這個詞的意思很簡單，即“官方、司法審訊”，在此語境下，宗教裁判所意指羅馬天主教會對可能的異端行為進(jìn)行審訊。
    不過此時宗教裁判所并無意，事實上也的確沒有權(quán)力對受審嫌疑人進(jìn)行肉體殘害。對異端的標(biāo)準(zhǔn)懲罰是侮辱性的苦行，比如被迫去某一圣地朝圣，或在長袍上縫上一個“十”字。只要受罰之人矯正了罪愆，且做了適當(dāng)?shù)淖晕覒土P，恥辱便得到了洗刷，他們會重新被教會接納。只有在極少數(shù)情況下，即異端者拒絕承認(rèn)他們的錯誤，或繼續(xù)堅持傳播異端邪說時，才會將他們交由世俗政府進(jìn)行司法審判和懲罰。
    紀(jì)伯納（BernardoGui）是一名多明我會修士、宗教審判官。1307~1324年，經(jīng)他判定的異端分子多達(dá)1000人，他還把自己的工作方法和經(jīng)驗詳細(xì)記錄下來，集結(jié)成一本394頁的煌煌巨著《審判異端指南》（TheConductofInquiryConcerningHereticalDepravity）。該書總共5章，前3章討論程序問題，比如審訊疑犯的程序以及怎樣組織法庭。第4章是對有關(guān)羅馬教皇告諭如何界定宗教裁判所權(quán)力的老調(diào)重彈。最后一章詳細(xì)闡述哪些行為構(gòu)成異端罪——至少在他看來是這樣。這本早期教會的暢銷書最有意思之處，在于教導(dǎo)宗教審判官如何向可疑的異端問訊。正如現(xiàn)代社會的知名律師所慣用的伎倆一樣，永遠(yuǎn)不要讓證人掌握主動權(quán)。提出的問題應(yīng)該盡可能地刁鉆古怪且布滿陷阱，回答時稍有疏忽就可以給無辜的人貼上異端的標(biāo)簽。
    在此過程中關(guān)鍵是讓證人思維混亂、失去判斷，諸如“西班牙椅子”只是一種輔助，由此奠定了宗教審判所的基調(diào)。
    到了1401年，也就是圣殿騎士團(tuán)解散后70年，國際性的宗教審判所開始成型，刑訊和神判裁決也被廣泛應(yīng)用了。
    為提高鎮(zhèn)壓效力，他們鼓勵民眾與當(dāng)局合作，檢舉、揭發(fā)鄰居、友人、家庭成員中的可疑分子。一旦被告發(fā)，程序是一成不變的，無論證據(jù)看起來多么荒誕不經(jīng)，都會被宗教審判官仔細(xì)審查，以決定該證據(jù)是否充分到可以進(jìn)行逮捕。為了保證告密者不受公眾譴責(zé)，他們的名字和裁判所其他程序一樣，總是秘而不宣的。
    當(dāng)逮捕令發(fā)出后，一群宗教審判官、牧師和全副武裝的士兵沖到疑犯家里——通常是在深夜。若疑犯拒捕，那么他們會把他結(jié)結(jié)實實地捆起來，當(dāng)疑犯被關(guān)在宗教裁判所的地牢里時，他們的財產(chǎn)會被沒收，對此，官方的說法是財產(chǎn)用來支付他們在監(jiān)禁和審訊期間產(chǎn)生的費(fèi)用。
    因懼怕酷刑折磨，被告發(fā)的人當(dāng)然情愿招供，但是大多數(shù)情況下他們并不清楚自己因何被指控，因而不可能坦白或者進(jìn)行自我辯護(hù)。在初審結(jié)束后，疑犯被拖進(jìn)用黑色布幔圍得嚴(yán)嚴(yán)實實的地下室，在房間另一頭的桌子后端坐著一名宗教審判官、一名監(jiān)察員、一位秘書。還有通身一襲黑袍、只露出兩只眼睛的施刑人，肅然立于其旁的是眾多可怕的刑具。這些人都知道一個事實，而受刑人卻絲毫不知，即接下來的酷刑折磨將分為5個不同的階段，首先，對疑犯進(jìn)行口頭恫嚇，告知他將被施以酷刑。其次，向他展示刑具。第三，蒙上嫌犯的眼睛。第四，施行酷刑。最后再給他一次坦白的機(jī)會。如果此時他仍然堅持自己是清白的，那么就對他無限制地反復(fù)施行第4步和第5步，直到他或她認(rèn)罪，或死掉。這一程序不分年齡、性別、社會地位，通用于所有人。施刑的種類與方式的選擇完全是隨機(jī)的，唯一的決定因素是審判官和監(jiān)察員的情緒，以及手頭上可以利用的酷刑設(shè)施。在缺少精巧的刑具時，審判官非常樂于使用備用的古老刑具——鞭子和長繩。一個葡萄牙書記員的文字記錄了鞭笞在宗教裁判所是多么普遍。
    在1535年之前，西班牙在歐洲人眼中都是窮鄉(xiāng)僻壤，盡管哥倫布發(fā)現(xiàn)了新大陸的消息傳遍了“世界”，而且還帶回了大量安第斯文明的金銀，產(chǎn)生的收益依舊不能平衡航海的支出。
    西科斯特斯四世教皇雖同意了西班牙建立宗教審判所，但他一直忙于教廷內(nèi)斗，無暇去管西班牙宗教審判所內(nèi)發(fā)生了什么。
    但距離再遠(yuǎn)，一些消息還是不可避免地傳入教皇的耳朵里，于是教皇去信給斐迪南，讓他對宗教審判所進(jìn)行整頓，“許多真誠虔敬的基督徒，由于受到敵人、對手、奴隸和其他劣等人的不正當(dāng)指證，在缺乏任何調(diào)查的情況下，被囚禁在世俗監(jiān)獄里，像一個頑固的異教徒那樣備受酷刑折磨和譴責(zé)，他們被剝奪財產(chǎn)，交到世俗當(dāng)局手里處死，這毒害了他們的靈魂，也為公眾樹立了一個有害的惡例，招致多數(shù)人的反感憤慨”。
    西班牙的公職人員大多數(shù)出于城市平民，甚至包括農(nóng)民，關(guān)于這一點(diǎn)，曾經(jīng)統(tǒng)治過西班牙的法國波旁王朝非常清楚。
    在他們的社會地位上升后，往往會聲稱自己是某個貴族的后裔，國王會把公共事務(wù)和司法事務(wù)交給這些介于貴族和平民的文士手里。
    這時他們過去的敵人最好期盼他們忙于工作或者嫉妒別人