大批官員的落馬，導致本就缺人的朝廷，出現了許多的空位。
    尤其是是五品以下的朝官，可以說所剩無幾，甚至于六科的官員加起來都只有五個了。
    朱由校也正好借著這次機會，開始將皇明學院，以及北直隸學堂的學子貢生，安排進了朝廷。
    隨后便開始了著手制度的改革。
    羽林軍的后勤司和參謀司，正式成為了朝廷的衙門，不只是軍隊中的編制了。
    并正式成立了軍部，與六部一樣獨立出來，直接對皇帝負責。
    規章制度以及軍權的劃分也非常細致。
    兵部的兵權正式被剝奪，從此以后，兵部再也沒有管轄軍隊的權力，包括武舉以及練兵權。
    基本上是恢復到了洪武年間的規劃，兵部只有核實軍功，以及對于軍隊增減規劃的權力。
    其它的則都被劃分給了軍部，軍部的官員也不在是文官擔任，而是由立有戰功，老成穩重的武將來擔任。
    并且效仿了漢朝的重號將軍制度，凡是在軍部任職的，都會掛上新增的前后左右稱號的將軍印。
    官職定為正二品，與六部的尚書相比，不管是職責還是地位，都是相當的。
    同時也剛好是四個人，同等地位同等權力，防止像內閣一樣，搞出個首輔次輔的先后順序來，一家獨大。
    當然了，他們也是沒有兵權的，他們就類似于內閣一般，專門協助輔佐皇帝，處理軍隊以及國防等諸多事務。
    相當于皇帝的軍事秘書，只有參議權而沒有決定權。
    而參謀司和后勤司，也是劃歸給了軍部管轄。
    戶部撥發的軍費錢糧，直接與后勤司進行對接，不在經過兵部之手，一定程度上保證了貪污最小化。
    更重要的是，文官與武將之間的關系，不在是上下級了，而是平等的。
    不管是邊軍，還是名存實亡的五軍都督府，直接隸屬于軍部節制管轄。
    眾所周知，自詡清高的文官士大夫們，向來是瞧不起武將的。
    朱由校這樣的安排，也是怕武將們領著兵馬在外面拼命，后勤得不到保障。
    軍隊被文官們利用職權或是一些名義，卡著脖子的事，歷朝歷代都是有的。
    而武將的升遷以及調度，這是大事，則要軍部和兵部兩方拍板，才能有效，這是朱由校有意為之。
    此項改革制度一出，再次在朝廷引起了軒然大波。
    反應最為激烈的，自然是兵部了，就連王在晉都不淡定了。
    不止是兵部的官員，就連其他各部的官員，也是紛紛找他探聽消息。
    滿朝的官員，誰不知道他王在晉是皇帝最為信賴倚仗的大臣
    毫無意外，多數的官員，都沒有得到王在晉的好臉色，不是被趕了出來就是在外面喝西北風。
    “大司馬，您得陛下信重，當速速入宮覲見，勸諫陛下盡快收回圣旨才是。”
    “是啊，按照陛下圣旨所說，軍部如果真的設立了，那還有兵部什么事？”
    “我等官員，豈不成了無用之人？”
    兵部的官員們一個個急不可耐，只能來勸說王在晉，去阻止皇帝的行動。
    可身為尚書的他，此時難道就沒有危機感？
    他現在的心情，是最為糟糕的，比任何人都要煩躁。
    這可是直接削了他手中的權力啊。
    就如自己屬下所說的那般，軍部一旦真的成立，他這個兵部尚書就將形同擺設。
    但他清楚皇帝是一個怎樣的人，向來是說一不二，決定了的事別說阻止，就是折扣都打不下來。
    幸好自己還是內閣大學士，還不至于淪落為一個無實權的擺設。
    此時的王在晉，也只能以此在心中默默的安慰自己了。
    可他這一整天下來，依然是魂不守舍，根本無心處理事務。
    臨近下值時，與他頗熟的魏忠賢，突然到來。
    “大司馬看起來有心事啊?！?
    魏忠賢剛一進來就注意到了王在晉的神情。
    他雖是個粗人，沒文化，可好歹五十多歲了，在這宮中也好幾十年了。
    這察言觀色的眼力見，自然是異于常人的，一眼就看出他是為何犯愁。
    得魏忠賢發問，王在晉不想表露太多，強顏歡笑的回道：
    “朝廷事務繁重，兵事政事本官都要定奪處理，自然是有些憂愁的?！?
    “你我二人的關系也算不錯，又都是為萬歲爺辦事，大司馬就不要拿這種搪塞之語來糊弄咱家了。”
    “萬歲爺猜測你今日的心情必定不好，特意讓咱家來通報你一聲，萬歲爺在乾清宮等著你呢。”
    一聽皇帝召見自己，本無精打采的王在晉，立刻就來了精神。
    看來陛下還是信重倚仗于我，我王在晉依然是朝廷重臣。
    “那就煩請廠公了?！?
    王在晉不同于其他文人士大夫，在太監和武將們面前，并沒有像其他人一樣有這么大的優越感。
    對于他來說，權力和功績才是最重要的，而且也有自己的傲氣和底線。
    否則歷史上的他，也不會公然與身為帝師，地位崇高，且有東林黨人支持