顧憲成奔走薦尚書，遭抨擊鄭澈病辭官。
    吏部左侍郎趙用賢、左都御史李世達，戶部右侍郎李禎三人相繼去后，不少官員仍為趙用賢、李世達等抱不平，并已認定皆為王錫爵主使。行人司高攀龍、御史吳弘濟、南京刑部郎中譚一召、主事孫繼有、南京吏部主事安希范等紛紛上疏。如高攀龍上疏道：“輔臣王錫爵等跡其自待，若愈于張居正，查其用心，何以異五十步笑百步。”并指責楊應宿對閣臣阿諛獻媚。
    譚一召也上疏指責王錫爵自入閣以來無月不逐賢。安希范、孫繼有等人也上疏再次為趙用賢、趙*南星、李世達、孫鑨、李楨等人求情。指責鄭材對待趙用賢前后判若兩人，實為無恥小人。后高攀龍、吳弘濟、譚一召、孫繼有、安希范等也遭部分官員上疏駁斥。
    朝廷此時儼然已分為兩派，早已偏離退婚一案而轉為相互對立。兩方彼此爭斗不休直至十一月，高攀龍彈劾內閣陰謀打擊部院，而皇上卻事事唯內閣是聽。楊應宿則彈劾高攀龍受顧憲成指使，吏部收受賄賂，專抗閣臣。
    后萬歷皇帝下詔：“近來小臣不修本等職業，更關是非。該部院會同該科從實問他何以見得吏部有許多臟私。及高攀龍為顧憲成所使，亦問攀龍何以見得朕一事不管，親批親點俱出輔臣之意，明白參看來說，不許徇私黨護。”
    每當朝中上疏攻擊閣臣之時，萬歷帝總欲嚴懲，王錫爵每每公開上疏請求萬歷皇帝從輕處事，以免朝臣總疑心其為指使。后高攀龍再度上疏：“竊近見朝堂之上，善類擯斥一空，輔臣何忍坐視至尊之過舉，得毋內泄其私憤，而利于斥逐之盡乎”群臣再各自上疏爭論，萬歷震怒，以朋黨罪將兩方核心人員任郎中、主事、言官者全部貶官外調，逐出京城。
    王錫爵請見萬歷說道：“皇上，老臣反被侵權結黨之名，紛紛得遣逐而去，其勢將愈激而愈不平，人持一是非，家立一門戶，恐皇上不勝其怒，而臣等不勝其爭。皇上處之愈重，是愈驅使自附于攀龍、世達等，欲以明邪正而邪正愈亂。故不如依臣疏中平平發下為當，朝臣品性政事及建言有心無心，自當從容聽公論余外。”
    萬歷帝見王錫爵如此便施以寬慰道：“近來朝臣每每妒害，朕欲從重究處，卿反為救解，因此小臣益無忌憚，將朕親批旨意誣為卿擬，再誣朕暴虐昏聵，妄肆詆誹，好生無狀。卿不必在意。黃淮水患如何平復？”
    王錫爵奏道：“河南救災不力，大水過后必將饑民遍地，臣以為黃淮一帶大難將至，朝廷及各省有司必需集中全力，臣愿擔任督導之責，統籌一應所需，監察災情。張一元已就任河南巡撫，其雖有才干但畢竟少經歷練，臣舉薦儀制郎中鐘化民兼任河南道御史，主持救災。”
    萬歷帝問道：“鐘化民有何才能能擔此重任？”王錫爵答道：“鐘化民幼即好學，多智計，天文地理，經濟韜略無不通諳。久經地方歷練，凡所到任之處，政績頗高，百姓愛戴，朝臣感佩，居官勤厲，遍歷八府，所至有聲。必能擔此重任。此外為多方籌措錢糧，臣請奏先暫時停止江南織造及江西陶器用度，減云南貢金，省出開支配合內庫錢糧賑濟河南。此次黃淮一帶受災之重百年未見，恰逢國庫維艱，百姓朝不保夕，時刻仰望圣德普佑，臣請蠲免河南災區原應繳納賦稅以安民心，臣愿率百官捐獻官俸，也請皇上及太后能令宮中也有所表示，如此則天下無不深受感召，南直隸、浙江一帶臣想也差人向當地商賈要求捐獻。”萬歷帝準奏。
    萬歷帝再問：“朝鮮的謝恩使是否返歸？對冊封退兵一事有何看法？”王錫爵答道：“此事朝鮮并不愿停戰，也已對其告知，對其行為也有所申斥，臣觀察朝鮮有暗自不滿，且大明與倭國定納降之時并未讓朝鮮參與其中，也未全殲倭寇，臣猜測朝鮮應會如此。”
    萬歷帝不悅：“朝鮮有何資格不滿？所有的軍隊都不堪一戰，朝鮮王也險被生擒。是朕的將士一直在奮戰，是朕的將士替他收復國土。所謂請降也不是向朝鮮而是向大明，如今國土即將都要歸還給他，倭寇也令其撤走，非但不該不滿還應感激涕零，跪拜在朕面前才是。朕不需其千里來朝，也不要他一寸國土，如此厚恩朝鮮不知？令朕懷疑朝鮮是否有不臣之心。”
    王錫爵道：“皇上天恩浩蕩，朝鮮必能體會。據報倭軍已陸續從釜山撤兵返回倭國，為防不測臣已令宋應昌留兵防守。”萬歷帝則令擬旨：“既然倭寇已撤，我們繼續在那里也沒有意義，傳旨全軍回撤，令宋應昌、李如松回京述職。”王錫爵領旨。
    吏部尚書孫鑨引退，吏部左侍郎趙永賢歸鄉，吏部文選司郎中孟化鯉近期也因舉薦被特貶為民的科臣張棟而被萬歷皇帝免職。吏部元氣大傷，選賢補職一事也為朝廷關注。而王錫爵準備讓禮部尚書羅萬化轉任吏部尚書并對此上疏舉薦，此舉卻又再度引起吏部眾多官員不滿。
    吏部文選司郎中顧憲成為此特意找來兩名吏部都給事中朱爵、許弘綱問道：“二位都是正直敢言，忠君為國之臣。現今吏部堂官空缺，正是選賢任能之時。但內閣欲推舉禮部尚書轉任吏部尚書，不知二位有何看法？”
    朱爵對羅萬化贊道：“大宗伯素來受人敬仰，博學多才，