群雄紛起爭汗位。
    殘元的滅亡，使明朝失去了政治上的敵人，蒙古已經成為了“邊患”，而不再是前一王朝殘余勢力。因此，永樂皇帝對于貴力赤表示了極大的友好，承認了他對于蒙古各部的宗主權。但是，貴力赤也并沒有保持汗位有多久，便在1400年被阿蘇特部首領阿魯臺和衛拉特部首領馬哈木的聯軍打敗。阿蘇特部是蒙古化了的伊朗人，起源于高加索，因蒙古西征而進入中國，元朝軍隊中有一支由他們組成的軍團。而衛拉特部是森林蒙古人中的一個強大的部落，在成吉思汗時代被稱為“林木中百姓”，定居在貝加爾湖西岸。
    阿魯臺和馬哈木都不想成為蒙古帝國的大汗，他們最為希望的還是自己的部族獨立于蒙古人之外而獲得承認，因此，在打敗貴力赤后，便向明朝效忠，表示自己不同于其他爭奪蒙古帝國汗位的部族。這樣的臣服是明朝求之不得的，給了他們極大的支持。依靠這種支持，衛拉特部將其霸權擴張到從貝加爾湖西岸到額爾齊斯河上游的整個西蒙古地區。
    然而，阿蘇特部和衛拉特部對于蒙古中部和東部控制都沒能長久，貴力赤之子額色庫重新崛起，要與阿魯臺和馬哈木爭奪大汗寶座，雙方進行了十幾年的戰爭，直到額色庫于1425年病死。
    在額色庫不停的與阿魯臺和馬哈木爭奪最高宗主權的同時，在1403年，殘元末代皇帝額勒伯克之子本雅失里復辟了自己的汗位，宣布自己為蒙古帝國的大汗。作為黃金家族的后代，本雅失里無疑要比阿蘇特部和衛拉特部具有號召力，不久，包括阿魯臺在內的各蒙古部落聚集在這位正統代表者一邊。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，對這位新一任蒙古大汗的敵視是不言而喻的，永樂皇帝下旨要本雅失里作出臣屬的明確表態。但希圖重現祖上功業的本雅失里怎么會向推翻自己家族在中國皇位的朱氏家族表示臣服呢？于是，永樂皇帝親自率軍進入蒙古，直抵成吉思汗故地--鄂嫩河上游平原，于1410--1411年擊潰了本雅失里和阿魯臺的軍隊。這次失敗對本雅失里來說是致命的，因為這使他喪失了作為大汗的權威。1412年，衛拉特部首領馬哈木乘機將他擊敗，奪取了汗位。
    在此之前，馬哈木一直與明朝永樂皇帝保持著友好關系，但這時，他已經真正成為蒙古帝國的大汗了。于是毫不猶豫地與明朝皇帝斷交。這引得永樂皇帝再次親征蒙古，雖然馬哈木的抵抗使明朝軍隊遭到嚴重損失，但為了保存實力，他率軍撤退到土拉河以西休養生息。馬哈木的威信由于這次入侵暫時受損，因為他也未能阻止明朝軍隊進入蒙古草原。
    哈斯木逃走后，大汗寶座又懸空了下來，這時，居住在興安嶺以東、滿洲邊境的嫩江附近的科爾沁部首領阿臺在1425年率部眾占領了蒙古中東部地區。那個見風使舵的阿蘇特部首領阿魯臺，這回又支持阿臺殺死了本雅失里，擁立阿臺為蒙古帝國大汗。科爾沁人是成吉思汗弟弟哈撒兒的后裔，也屬于黃金家族。雖然永樂皇帝對于衛拉特的背叛不能容忍，但為了消滅在蒙古人中具有崇高威望的黃金家族，又開始支持衛拉特部。自然，對于這支持，衛拉特部也是欣然接受的。
    定鼎衛拉特。
    永樂皇帝所貫徹的為了打倒黃金家族而扶持衛拉特勢力的政策，在他死后才發生了效力。在1434至1438年間，衛拉特首領、馬哈木之子脫歡率軍攻進蒙古東部，殺死了帝國大汗阿臺和他的重要輔臣阿魯臺，奪得了大汗寶座。雖然，黃金家族--忽必烈家族的一個王子、額勒伯克之子、本雅失里的兄弟阿占在此時被擁護正統的首領們宣布為大汗，但在事實上，蒙古的帝國已經從黃金家族--忽必烈家族轉到了衛拉特--綽羅斯家族人手中。
    對于明朝皇帝來說，成吉思汗的黃金家族已經完結了，草原的這些新君主是一支沒有顯赫歷史的民族，他們在蒙古帝國的歷史上既不顯赫也不重要，他們不可能如黃金家族那樣具有無上的威望和號召力。那么，蒙古人對于中原的威脅就應該自此結束了。
    但是，衛拉特人并沒有忘記他們繼承的是蒙古帝國的汗位，雖然在表面上，他們把自己和其他蒙古人尤其是黃金家族的距離拉得很遠，但他們無時無刻不在想著恢復蒙古帝國原來的疆域。
    當然，在明帝國還很強大的時候，衛拉特人是不會隨便捋虎須的，他們還記得祖上馬哈木的教訓。因此，恢復帝國的第一刀他們向東南地區的察合臺汗國砍去。脫歡的兒子額森擊敗了察合臺汗國的衛思汗，強娶了他的妹妹哈尼木公主，因為衛思汗是黃金家族，所以這一聯姻，使得衛拉特人有了足以號召所有蒙古人的血統。
    額森繼承其父脫歡的汗位時，蒙古帝國的疆域從巴爾喀什湖延伸到貝加爾湖，又從貝加爾湖延伸到長城附近地區，象征正統的都城哈拉和林也是帝國的領土之一。1449年，他向中國公主求婚遭到悔婚，于是，額森蹂躪了山西北部、大同附近的中國邊境。明朝英宗皇帝及太監王振前往迎戰。在土木堡展開戰斗。額森給明軍災難性的打擊，殲滅明軍10余萬，俘英宗皇帝。然而，因不善圍攻戰，額森無法攻陷該地的設防城市大同和宣化，