為了報答拯救東瀛區的集，ghq刪除了集的犯罪資料，他被無罪釋放了。
    學校里不少人都看到集被ghq帶走那一幕，集回到學校，一路被人指指點點，幸得學生會長幫助，擺脫尷尬。櫻滿集回到班級，意外得到寒川谷尋再未出現的消息。他心中有道檻不問清楚就邁不過去，但被背叛的心情卻讓他停在原地，假裝看不到消失的寒川谷尋。
    經歷了不少事后，集終于接受了自己擁有力量這事，如果沒有這份力量就不能保護想保護的人。如果將用這份力量保護普通人當做一種工作，那么櫻滿集算得上是事業成功，情場失意的典型。不僅被恙神涯綠，甚至為達成目標，送心上人給基友綠，好在最后什么都沒發生，而結果也不錯，集和颯太彼此敞開心扉，終于坦誠見面。
    和朋友袒露心事后，櫻滿集終于變得自信起來。
    然而在他準備出發去找尋谷尋問清始末時，意外發現了在家等死的潤，從他口中得知了自己不知道的真相，涯殺了谷尋，而潤在見到谷尋經常提到的涯之后不久，終于無法堅持下去徹底晶體化。大雨中集無助地抱著祭哭，他終于明白自己和涯不是一路人。
    在涯向集發布任務時，集嚴辭拒絕了，他甚至和葬儀社斷絕往來，卻無法狠心刪除楪祈的聯系方式，他以為兩人之間的感情，自己的心意都是真的。
    涯和綾瀨準備勸說集回去，集拒絕了。最后涯用一槍空彈，代表集和葬儀社就此兩斷，同時也將楪祈叫走。
    回家時，集看到楪祈還在，然而她那張臉卻讓他想起最近幾個月一直纏繞在腦海中的夢境，心中的悲憤外加來自各界的刺激，促使他打掉了楪祈伸出的手，他切斷了自己和葬儀社的聯系，否定了這段時間做過的一切，他認清自己并沒有保護他人的能力，而且自己也不可能成為涯那樣的人，無法眼睜睜看著別人去死，也不可能因為別人的背叛就施以懲罰，就算擁有王的力量，卻也不過是個沒用的人罷了。
    葬儀社為了起源之石選擇劫機，然而他卻中了噓界少佐的計，于此同時，噓界激發了起源之石的力量，散發出天啟病毒。
    另一邊，集失去了楪祈之后，將自己心中的失落強加在祭身上，強行將祭當做楪祈的替代品，卻被深愛著自己的祭打了一巴掌。從祭口中，集終于認清自己，他擁有了力量，而這種力量卻讓他迷失了本性。
    這時，基因共鳴之歌響起，許多處于病毒基因爆發邊緣的人，身體出現結晶化。東瀛區所有人都感受到了這個聲音，各地紛紛出現結晶化的人，各地開始暴亂，東瀛再一次陷入混亂，而這都是莖道修一郎在背后推動的結果。
    這時，電飯煲在秘密基地找到集，鶇通過飛納魯痛罵了集，同時表明楪祈已經失聯的事實，并將過錯全部推到櫻滿集身上。
    為了補救，集叫來班長草間花音、颯太、祭和學生會長供奉院亞里沙，他的面前擺著三條路。第一欺騙他人，令對方走向自己需要的方向；第二將一切告訴他們，溝通后行動；第三直接命令他人。這三條路是涯表現給集看的方式，他可以確定的是，如果涯在這里肯定會選擇三條路中的一個，但他不是集，他選擇了自己的路。
    他終于覺醒了自己的道路。
    在所有人都需要他的時候，所有人都在拼命努力的時候，所有人共同念著某個人名字的時候，楪祈唱響，解除了東瀛全境仍舊存活的，所有晶化的人們。
    集終于趕到楪祈身邊，可突然出現了一個同樣擁有王之力的人，他從楪祈的身體里抽出虛空大劍，一劍砍在涯的身上，將其重傷。集終于想起曾經封存在記憶中的過去，包括恙神涯的身份和姐姐真名。
    跟在達·亞特身后，集來到了一個奇異空間。在此地，莖道修一郎向集解釋了一切，他要利用楪祈復活真名，向真名求婚，成為新世界的亞當。
    噓界選擇幫助櫻滿集等人，然而卻遲了一步，因為櫻滿集還差最后一個要素沒有想起，那就是失落的圣誕當天，恙神涯將櫻滿集叫到教堂，告訴集一切的時候，發生的事。
    他親手推開了自己的姐姐，放棄了拯救她的機會，拒絕了她，也正是他的拒絕引發失落的圣誕，導致姐姐的毀滅。
    回想起一切的集準備再一次將姐姐的意識送入沉睡，集從涯的身體里抽出一把槍交給涯，這是涯和集第一次攜手戰斗。在涯的活躍下，集終于將楪祈救回。
    利劍穿過涯的身體，由莖道修一郎再一次引發的“失落的圣誕”終結了，集最后只拿回楪祈，卻沒能帶回涯。
    雖然沒能拯救東瀛，但卻完成了小時候的理想，涯可以永遠都守護在真名身邊了。
    “動畫結束了啊！”
    “是啊，短短十二集就結束了，不過也算是個不錯的結局呢，雖說葬儀社毀了，涯死了，但卻阻止了真名復活，拯救了無數人，算是大團圓結局吧。”
    “是啊，真不錯，雖然比不上那樣感動，但主角確實在成長，就是有幾個問題我一直很在意。比如那個守墓人，他為什么也擁有王的能力，既然他有這種能力，為什么不成為新世界的亞當，反而幫助莖道修一郎那家伙，還有就是最后，為什么那家伙又說莖道修