從三江口回到廣州后，周士相立即著手進行整軍，首先便是令各部統計兵馬，計有兵21500人，青壯民夫14000人。其中降兵人數為10600人，后備兵連同輜重營兵5500人，原屬太平軍步軍左右二營、新兵營戰兵為5000人左右。
    在回廣州的路上，周士相已經想好如何整軍擴軍，他意將太平軍設立為四鎮，從各部中挑選精兵編入第一、第二鎮，剩余編為第三鎮，余下則為第四鎮。
    一鎮編制具體為:20兵為一伍，設伍正一名、銜小旗；3伍為一隊，設隊正一名、銜總旗官；一隊所轄3伍分別以甲乙丙命名，隊正又設直屬兵十員，掌扈衛、旗鼓號令事，另設伙兵5員，故一隊兵額為75人；3隊為一衛，設衛尉一名，銜百戶，衛下所轄隊以甲乙丙名之，衛正又有直屬兵20員，稱之為衛兵，掌扈衛、旗鼓號令事，故一衛兵額245人
    3衛為一營，設營尉一名，銜千戶。營下所轄衛以甲乙丙名之，營尉下設直屬兵40員，稱營兵，掌扈衛、旗鼓號令事，故一營兵額775人；3營為一旅，設旅校一名，銜指揮同知；營以甲乙丙名之，旅尉下設直屬兵100員，稱旅兵，掌扈衛、旗鼓事；故一營兵額2425人。
    3旅為一鎮，設鎮將一名，銜為指揮使。鎮下轄旅以甲乙丙名之，鎮將下設直屬兵300員，又稱鎮兵，掌扈衛、旗鼓號令事；故一鎮兵7575人。
    此次改編大體亦同香山成軍時制，不過旅帥、師帥改為旅校、鎮將，營官稱營尉，衛官稱衛尉。每隊設隊副2名，為小旗銜，其中一人為安軍小使；每衛設副衛尉2名，為試百戶銜。其中一人為安軍中使；每營設副營尉2名，為百戶銜，其中一人為安軍大使；每旅設副校2名，為千戶銜。其中一人為安軍使；鎮將下設副將2名，指揮同知銜，安軍使由鎮將親領。
    鎮將暫擬等同總兵官，旅校等同參將，營尉等同游擊。衛尉等同千總，隊正等同把總。正式任命待報請永歷朝廷后方能落實，周士相眼下只能以自己廣州總兵官名義權知任事。
    老卒善戰者，稱銳兵；新入軍者，稱選兵；又有在鄉待選者（保安隊），稱備兵。太平軍制，以銳兵、選兵為正兵，其額有缺者，以備兵補之，備兵入營。則為選兵。
    步軍四鎮之外再設馬兵一旅，稱騎兵旅，其旅建制等同步軍一鎮。官兵名額亦同，一旅兵為2425人；旅校不設直屬兵，兵員亦有銳兵、選兵之分。
    再設炮兵一營，營制等同步軍一鎮，官兵名額5000人，兵分正炮手、副炮手、輔炮手，等同銳兵、選兵、備兵。正炮手操炮，副炮手架炮。輔炮手運炮。
    四鎮步軍、馬軍一旅編成后，即由第一鎮進駐清遠，第二鎮駐廣州，第三鎮駐增城。第四鎮駐香山，馬軍一旅和炮營都駐廣州。于城外越秀山下設廣州大營。
    鎮將人選別分是第一鎮葛義，第二鎮鐵毅，第三鎮蔣和，第四鎮邵九公。騎兵旅由邵成國掌總，滿州人蘇納掌副。炮營鎮將齊豪擔任。
    第一鎮和第二鎮從太平軍和降兵中挑選精銳組成。也是太平軍四鎮最能打的兩鎮，對這兩鎮的要求，周士相只有一個，戰斗力絕對不能低，因為要隨時拉出去和清軍見仗。因此這兩鎮的鎮將人選他選了葛義和鐵毅，此二人皆是勇猛之人，適合沖鋒陷陣。禿子蔣和也是勇將，可匪氣比葛義還要重，且愛喝酒，周士相怕他喝酒誤事，因此只將第三鎮給他。邵九公忠誠足夠，卻無勇猛之風，做事顧頭顧尾，不敢豁下心去拼，屬持重型，因此周士相將第四鎮給他。
    第一、第二鎮是今后和清軍作戰的主要力量，第三、第四鎮則是穩定后方，如此鎮將人選自然有所區別。炮鎮為攻擊力量，戰時隨同第一鎮、第二鎮活動。周士相擬日后炮兵規模擴大后，即在每鎮軍下設炮旅，以加強步軍鎮的火力攻擊。
    靖南藩下漢軍和平南藩下漢軍一半都選入第一鎮，鎮將以下軍官任命是相互挾制，如平南藩下降將任靖南藩下降兵的隊正、衛尉，同樣靖南藩下降將任平南藩下降兵的隊正、衛尉。原先兩藩麾下將領協領以上軍官全部被發落到兵備講武堂充教官，或是改為文官，只低級武官得以任職。這兩鎮軍官的任命營尉以上軍官多是太平軍出身，營尉以下降將占了一半多。
    原先在香山永樂鄉的水營也調至廣州，在珠江原清軍水師駐地長洲島設太平軍水營，此地即幾百年后黃埔軍校所在地。
    水營兵額暫定為5000人，不過因水營缺少戰船，短時間無法承擔作戰任務，故周士相請凌海將軍陳奇策調遣所部水師戰船一部移至長洲島，確保珠江為明軍所有。同時為陳奇策這部水師提供糧草供應，并遣人向他們學習水師戰法。
    已和朱統占有肇慶的陳奇策爽快答應周士相請求，派偏將鄭成魁領40余艘戰船進駐長洲島，并送給太平軍12艘戰船。此舉讓周士相大喜過望，12艘戰船雖然很少，但卻意味著水營不再是內河水師，而是能夠在珠江上甚至獅子洋上行動的“海軍”了。
    水營鎮將由周士相親領，他給宋襄公壓了任務，讓他無論如何也在一年以內建好太平軍的造船廠，最遲兩年內太平軍必須能夠有自己