京都。二條皇城。
    長州藩藩兵在全占京都城之后，便立即召集一干人員，在二條皇城中擁立他們解救出來的皇太子睦仁親王登基。次日便舉辦了踐祚典禮，正式繼承天皇大統。
    登基的當天，新任的七歲的天皇，在原孝明天皇的侍衛官巖倉具視的陪同下，對朝堂下的京都官員頒發了《新皇敕諭》：廢除攝政、關白、幕府；設總裁、議定和參與三職；進而發布《王政復古大號令》作為施政方針，并把一切恢復到神武創業之初作為新政的理想。
    通過《王政復古大號令》，由新天皇正式諭令：廢除幕府，并命令征夷大將軍德川家茂辭官、納地，交出所有的封地和兵權，自行趕赴京都二條城來朝賀新天皇。
    并且，新天皇昭告全國，學習西方組建新式政府，命熾仁親王為太政大臣兼總裁，長州藩藩主毛利敬親、四國藩藩主山內豐信均為副總裁，宮廷侍衛官巖倉具視為議定，桂小五郎為總裁局顧問兼參與官，高杉晉作為總裁局顧問兼副參與官，構成朝政主要官員。而明眼人一眼能看出，巖倉具視、桂小五郎和高杉晉作這仨人組成為了朝廷的核心。
    遠在江戶的幕府將軍德川家茂才14歲，當時便嚇得驚慌失措，好在有將軍府的主要掌權者大老井伊直弼的策劃，幕府迅速調集四周的軍隊，派出京都附近的會津、桑名兩藩藩兵一共14000余人，再加上幕府大老井伊直弼的家臣小粟忠順率領的23000幕府親兵，合計37000幕府軍，由幕府家臣小粟忠順作為主將，在大阪會合后，沿淀川北上，兵分兩路向京都進發。
    一路以幕府親兵為先鋒向京都西南方的鳥羽推進，另一路以會津藩兵、桑名藩兵為先鋒向京都東南方的伏見進軍。
    得知幕府軍隊出征，新政府的倒幕軍隊立即召集4萬軍隊，也分為兩路上前迎擊。由桂小五郎和高杉晉作率領15000名長州藩兵防守鳥羽，而由山內豐信率領16000名四國和其他倒幕藩兵防守伏見，剩下的6000名反幕聯軍作為預備隊守衛設在二條城和東寺兩處，由毛利敬親和巖倉具視兩人分別指揮。
    到黃昏時分，戰事首先在鳥羽打響。
    不得不說，長州藩兵使用的雖然是舊式火繩槍為主、夾雜從荷蘭商人那買來的部分燧發滑膛槍，還有不少以前從荷蘭人那里采購的大炮。關鍵是訓練有素，他們早在十余年前便圍繞開港問題的中央政局和海防需要出發，采取富國強兵和重商主義的政策，財力和軍事都頗為強大。與此對比的是自以為裝備精良的幕府親兵，還是制式的武士刀和弓箭、長矛等冷兵器為主，夾雜一些土銃和部分從中華帝國那邊買來的鳥槍之類的火器，當然，這還是有財力的幕府親兵了。像會津藩兵和桑名藩兵，甚至連鳥槍等火器都沒有，只有一些武士刀等冷兵器，甚至一些藩兵連竹刺、木棒之類的也一路席卷過來了。而且，因為來得匆忙，只帶了幾十門小型火炮，武器明顯相差較大。
    于是勝負可以想象了。
    幕府親兵數千人的先鋒隊，在新選組的帶領下，率先沖向鳥羽的一個由桂小五郎領著的長州藩兵鎮守的半月形陣地。桂小五郎一聲令下，長州藩兵早就架設的數十發大炮猛地開火，第一輪炮彈就擊中幕軍縱列頂部的一個武士隊，這是幕府親兵的指揮官的親兵隊，隨即又是雨點般的火槍槍擊，幕府親軍頓時大亂。
    等小粟忠順好不容易穩住敗勢，組織幕府親兵還擊，他親自率領上千親軍隊，手持武士刀向幕府軍守衛的半月形陣地進行了白刃沖鋒，但這些幕府武士雖然精于刀劍，又怎是火器的對手，只沖鋒兩個回合，便折算數百人，剩余地一下便被槍彈擊退。而這時，天色暗了下來，高杉晉作親自率領“奇兵隊”猶如獅群下山，也是手持武士刀沖向幕府親兵大營進行了白刃戰，久經操練的“奇兵隊”隊員本就是身強力壯的長州藩武士，勢不可擋，幕府軍無法抵御“奇兵隊”的夜襲，而后，其余的長州藩兵一擁而上，將幕府親兵擊潰，幕府親兵在小粟忠順的帶領下，連夜逃往淀城。
    而另一條戰線，鳥羽以東不遠的伏見，這座京都南邊十余里的小鎮的東南邊一處叫奉行所的堡壘處，幕府一方的會津藩兵和桑名藩兵，也在桑名藩主的率領下，向駐守在這里的四國藩兵和其他倒幕藩兵發起了進攻。四國藩與其他倒幕藩兵也都是刀劍甲胄和弓箭等冷兵器為主，于是乎，雙方進行了殊死戰斗，死傷慘重。
    幕府的會津藩和桑名藩聯軍多次沖擊奉行所，并花費巨大的代價一度占領奉行所和堡壘所在的桃山，但均被四國藩及其他倒幕藩兵擊退。雙方在桃山山坡上進行了慘烈的白刃戰，夜幕中數千人死傷，雙方一直戰斗到深夜，還勝負難分。
    正在這時，伏見那邊戰事的消息傳來，說是幕府親兵和先鋒主將小粟忠順都被擊敗，退守淀城，頓時，得知消息的幕府聯軍一下便喪失了戰意，顧不得抵抗，兵敗如山倒，連忙也跟著退往淀城。
    次日，新政府太政大臣兼總裁毛利敬親命令議定棲川宮熾仁親王為征討大將軍，率領二條城內的預備隊三千人，征討幕府軍隊。中午時分，熾仁親王手捧天皇御賜的錦旗和節刀來到東寺的討幕軍大營，討幕軍